พิพิธภัณฑ์ศิริราชพิมุขสถาน หรือสถานีรถไฟธนบุรีเดิม เป็นพิพิธภัณฑ์ที่จัดตั้งขึ้นใหม่ ภายใต้โครงการ "สถาบันการแพทย์สยามินทราธิราช" คณะแพทยศาสตร์ศิริราชพยาบาล โดยใช้พื้นที่อาคารสถานีรถไฟธนบุรี(เดิม) บริเวณปากคลอง บางกอกน้อย ซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของที่ดินจำนวน 33 ไร่ ที่ได้รับมอบจากการรถไฟแห่งประเทศไทย

พื้นที่แห่งนี้มีความสำคัญอันเชื่อมโยงกับประวัติศาสตร์ตั้งแต่สมัยอยุธยา ครั้นถึงสมัยกรุงรัตนโกสินทร์ พื้นที่ด้านใต้ของปากคลองบางกอกน้อย ลงไปถึงวัดระฆังโฆษิตาราม เป็นที่รู้จักกันในชื่อ "วังหลัง" ด้วยเคยเป็นที่ประทับของกรมพระราชวังบวรสถานพิมุข หรือ กรมพระราชวังหลัง ในแผ่นดินพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช พระปฐมกษัตริย์แห่งบรมราชจักรีวงศ์

ที่ดินผืนนี้ถูกปรับเปลี่ยนไปตามเหตุการณ์ต่างๆ กระทั่งถึง พ.ศ.2443 ในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว โปรดเกล้าฯ ให้ใช้ที่ดินนี้สร้างเป็นสถานีรถไฟบางกอกน้อย ต้นทางของเส้นทางรถไฟสายใต้กระทั่งถึงปัจจุบัน

พิพิธภัณฑ์ศิริราชพิมุขสถาน เป็นสถานที่เรียนรู้ ด้านประวัติศาสตร์การแพทย์ การก่อตั้งโรงพยาบาลศิริราช และโรงเรียนแพทย์แห่งแรก พัฒนาวิทยาการแพทย์ของโรงพยาบาลศิริราช ทั้งแผนปัจจุบันและแผนไทย ชื่นชมกับประวัติศาสตร์ และโบราณคดีของพื้นที่วังหลัง - บางกอกน้อย ที่มีเรื่องราวตั้งแต่สมัยอยุธยาซึ่งประกอบด้วยอาคารอนุรักษ์ 4 หลัง อันได้แก่

อาคารพิพิธภัณฑ์ 1 ประกอบด้วย ชั้นที่ 1 ห้องศิริสารประพาส ห้องบรรยายสรุป ที่ตกแต่งบรรยากาศเสมือนห้องสมุด เก้าอี้นั่งเป็นเก้าอี้ที่นักศึกษาแพทย์เคยนั่งเรียน ในห้องบรรยาย มีวีดิทัศน์เล่าเรื่องความเป็นมาของพื้นที่และขั้นตอนการเข้าชม หอศิริราชขัตติยพิมาน หอเทิดพระเกียรติ จัดแสดงพระบรมสาทิสลักษณ์ พระสาทิสลักษณ์ พร้อมพระราชดำรัส พระราชเสาวนีย์ และพระดำรัส ในพระมหากษัตริย์และพระบรมวงศานุวงศ์ สถานพิมุขมงคลเขต ห้องกรมพระราชวังบวรสถานพิมุข แสดงพระประวัติกรมพระราชวังบวรสถานพิมุขด้วยภาพจิตรกรรมไทยแบบประเพณี ฐานป้อม เป็นหลักฐานทางโบราณคดีที่สำคัญยิ่ง มีแนวทางการอนุรักษ์ คือให้เก็บรักษาฐานกำแพงป้อมไว้ตามตำแหน่งเดิม ห้องโบราณราชศัสตรา จัดแสดงศาสตราวุธ ที่คณะแพทยศาสตร์ศิริราชพยาบาลได้รับมอบจากคุณสำรวย สุวรรณสุทธิ (เสนีวงศ์ ณ อยุธยา) ซึ่งเป็นราชสกุลที่สืบเชื้อสายมาจากกรมพระราชวังบวรสถานพิมุข ห้องคมนาคมบรรหาร จัดแสดงประวัติสถานีรถไฟธนบุรีประกอบด้วย ห้องฉายภาพยนตร์สี่มิติ  นำเสนอประวัติความเป็นมาของรถไฟสายใต้ ซึ่งใน พ.ศ. 2443 ได้ใช้พื้นที่บริเวณบางกอกน้อย สร้างสถานีรถไฟบางกอกน้อยเป็นต้นทางการเดินรถ มีปลายทางอยู่ที่จังหวัดเพชรบุรี

ชั้นที่ 2 ห้องศิริราชบุราณปวัตติ์ ห้องประวัติศิริราช จัดแสดงเกี่ยวกับ กำเนิดโรงพยาบาล การตั้งโรงเรียนแพทย์แห่งแรกในประเทศไทย และห้องสยามรัฐแพทยศาสตร์ ห้องการแพทย์ของไทย จัดแสดงด้วยเทคนิคทันสมัย ให้เห็นถึงความเจ็บป่วยของมนุษย์ ความมหัศจรรย์ของร่างกายมนุษย์ เหตุแห่งโรค วิธีการเยียวยาความเจ็บป่วย

อาคารพิพิธภัณฑ์ 2 โถงธนบุรีพื้นที่ชั้นล่างของอาคารจัดเตรียมไว้เพื่อจัดนิทรรศการชั่วคราว จัดเป็นที่ประชุม สัมมนาหรือทำกิจกรรมพิเศษร่วมกับหน่วยงานต่างๆ ทั้งในและนอกคณะฯ เช่น ชุมชน โรงเรียน เป็นต้น

อาคารพิพิธภัณฑ์ 3 ประกอบด้วย อาคารนิวาสศิรินาเวศ อาคารโกดังสินค้าริมคลองบางกอกน้อย จัดแสดงบรรยากาศวิถีชีวิตสองฝั่งคลองบางกอกน้อยในอดีต และเรือโบราณ ค้นพบเมื่อ พ.ศ. 2551 ระหว่างการก่อสร้างสถาบันการแพทย์สยามินทราธิราช เป็นหนึ่งในมรดกทางวัฒนธรรมอันล้ำค่าของประเทศไทย สุดท้ายเส้นทางท่องเที่ยวละแวกบางกอกน้อย ซึ่งสามารถชมภาพและหาข้อมูลสถานที่ท่องเที่ยวละแวกบางกอกน้อยได้ โดยจัดเตรียมไว้บริการ ณ อาคารนี้ด้วยตลอดนิทรรศการ

อาคารพิพิธภัณฑ์ 4 คลังพิพิธภัณฑ์เป็นอาคารรูปสี่เหลี่ยมผืนผ้าขนานกับคลองบางกอกน้อย เดิมเป็นโกดัง ได้รับการปรับเปลี่ยนรูปแบบและการใช้งานให้เป็นคลังสิ่ง แสดงของคณะฯ

พิพิธภัณฑ์ศิริราชพิมุขสถาน เปิดทำการวันจันทร์ , พุธ-อาทิตย์ (หยุดวันอังคารและวันนักขัตฤกษ์) เวลา 10.00 - 17.00 น.

มณฑลทัศน์ นันทวิสูตร์ เรียบเรียง

ห้องศิริสารประพาส

หอศิริราชขัตติยพิมาน

ห้องสถานพิมุขมงคลเขต

ฐานป้อม

ห้องโบราณราชศัสตรา

ห้องคมนาคมบรรหาร

ห้องศิริราชบุราณปวัตติ์

ห้องสยามรัฐแพทยศาสตร์

เรือโบราณ