หมุดหมายสำคัญสำหรับสถานการณ์ภาคใต้ ที่มักถูกหยิบยกมาอ้างถึงว่าเป็นจุดเริ่มต้นของเหตุการณ์ต่อเนื่องกว่า 2 ทศวรรษจนถึงปัจจุบัน คือเหตุการณ์กลุ่มบีอาร์เอ็นปล้นปืนที่ "ค่ายปิเหล็ง" หรือกองพันพัฒนาที่ 4 จ.นราธิวาส เมื่อวันที่ 4 มกราคม 2547 ซึ่งถือเป็นจุดเปลี่ยนสำคัญที่ยกระดับความขัดแย้งที่เคยซาลงไปหลายปีให้กลับมาอีกครั้ง

ปีเดียวกันยังมีเหตุการณ์สำคัญต่อเนื่องอีก 2 เหตุการณ์ คือ วันที่ 28 เมษายน 2547 มีการบุกโจมตีด่านตรวจของเจ้าหน้าที่รัฐในหลายจุด แต่จุดที่สั่นสะเทือนที่สุดคือการเข้ายึดมัสยิดกรือเซะ ซึ่งจบลงด้วยการใช้กำลังทหารเข้าจัดการ ทำให้มีผู้เสียชีวิตจำนวนมาก

และอีกเหตุการณ์ เมื่อวันที่ 25 ตุลาคม 2547 การสลายการชุมนุมหน้าสถานีตำรวจภูธรตากใบ จ.นราธิวาส นำไปสู่การเสียชีวิตของผู้ชุมนุมจำนวนมากระหว่างการขนย้ายและควบคุมตัว

โจทย์ที่หลายฝ่ายพยายามไขให้ออกว่าเหตุใดสถานการณ์ที่เหมือนจะสงบลงไปแล้วกลับมาปะทุอีกครั้งนั้น ถูกนำไปเชื่อมโยงกับการปรับเปลี่ยนการบริหารสถานการณ์ในปี 2545 ซึ่งล้อไปกับนโยบายปฏิรูประบบราชการของ "ทักษิณ ชินวัตร" นายกฯ ในขณะนั้น

ทั้งนี้ก่อนปี 2545 การบริหารสถานการณ์ 3 จังหวัดชายแดนภาคใต้ ใช้หลัก "การบูรณาการแบบผสมผสาน" โดยมี 2 หน่วยงานทำงานประสานร่วมกันอย่างใกล้ชิด คือ พตท.43 (กองบัญชาการผสมพลเรือน ตำรวจ ทหารที่ 43) กับ ศอ.บต. (ศูนย์อำนวยการบริหารจังหวัดชายแดนภาคใต้)

โดยในปี 2545 รัฐบาลทักษิณได้สั่งยุบทั้ง 2 หน่วยงาน และโอนอำนาจการตัดสินใจเข้าสู่ส่วนกลาง คือ กระทรวงมหาดไทย และสำนักงานตำรวจแห่งชาติ

การปรับเปลี่ยนดังกล่าวถูกตั้งข้อสังเกตว่าทำให้ขาดเอกภาพและเกิดช่องว่าง รวมทั้งประสิทธิภาพด้านการข่าวลดน้อยถอยลงอย่างเห็นได้ชัด จนนำมาสู่ความรุนแรงอีกรอบหนึ่งของสถานการณ์ 3 จังหวัดชายแดนภาคใต้นับตั้งแต่ปี 2547 ต่อเนื่องกว่า 2 ทศวรรษจนถึงปัจจุบัน แม้ว่าจะมีการปรับเปลี่ยนตามมาเพื่ออุดช่องว่างในภายหลังก็ตาม

หลังปี 2547 ได้มีการยกระดับ กอ.รมน. โดยใช้ "กองอำนวยการรักษาความมั่นคงภายในภาค 4 ส่วนหน้า" (กอ.รมน. ภาค 4 สน.) ให้เป็นหน่วยงานหลักในการควบคุมสถานการณ์ในพื้นที่ชายแดนใต้

ต่อมาในปี 2551 สมัยนายกฯ สมัคร สุนทรเวช ได้มีการฟื้น ศอ.บต. ขึ้นมาใหม่ ให้ทำงานในพื้นที่ควบคู่ไปกับ กอ.รมน. ภาค 4 สน. โดย กอ.รมน. รับผิดชอบด้านความมั่นคง ส่วน ศอ.บต. รับผิดชอบด้านงานพัฒนา

นอกจากการปรับการบริหารสถานการณ์ในพื้นที่แล้ว นับแต่ปี 2556 ยังมีความพยายามใช้การพูดคุยสันติภาพกับตัวแทนบีอาร์เอ็น โดยให้มาเลเซียเป็นผู้อำนวยความสะดวก ซึ่งแม้ว่าจะยังไม่ประสบความสำเร็จ 100% แต่ก็ถือว่ามีความคืบหน้าในระดับหนึ่ง

กระนั้นจนถึงปัจจุบัน ความรุนแรงใน 3 จังหวัดชายแดนภาคใต้ยังคงเกิดขึ้นเป็นระยะ ขณะที่มีการวิจารณ์จากกลุ่มคนที่อ้างอิงกับแนวคิดสิทธิมนุษยชน รวมถึงพรรคการเมือง เช่น พรรคอนาคตใหม่ ต่อเนื่องมาถึงพรรคก้าวไกล และพรรคประชาชน ว่าโครงสร้างปัจจุบันให้อำนาจกับกองทัพมากเกินไป บางข้อเสนอเลยเถิดไปถึงการให้เอาทหารออกจากพื้นที่ กระทั่งล่าสุดมีการฉวยใช้คำพูดของแม่ทัพภาคที่ 4 พล.ท.นรธิป โพยนอก มาขยายผลว่าเป็น "สายเหยี่ยว" ที่มาจากนอกพื้นที่และไม่เข้าใจความละเอียดอ่อนของพื้นที่ ตีปี๊บให้เข้าทางเพื่อย้ายหรือลดบทบาทของทหาร ลุกลามไปถึงการเคลื่อนไหวของ 3 สมาคมการศึกษา (สถานศึกษาเอกชน-ปอเนาะ-ตาดีกา) ให้ย้ายแม่ทัพออกไป

อย่างไรก็ตาม หากมองผ่านสายตาของคนเคยทำงานในพื้นที่หลายคน รวมทั้ง พญ.คุณหญิงพรทิพย์ โรจนสุนันท์ กลับเห็นว่าคำพูดของแม่ทัพภาคที่ 4 คือ "ความจริงที่ไม่มีใครกล้าพูด"

แนวทางแก้ปัญหาภาคใต้จึงยังคงเป็นข้อถกเถียง ตราบที่สถานการณ์ไม่สงบอย่างแท้จริง ซึ่งอยู่ที่ว่าผู้กุมนโยบายอย่างรัฐบาลจะหนักแน่นกับ "ความจริง" เพียงใด