“ศูนย์จีโนมทางการแพทย์ รพ.รามาธิบดี เผยชุดตรวจโควิด “โอไมครอน” คาดจะใช้งานได้ใน 2 สัปดาห์ เตือนศูนย์รับตรวจโควิด-PCR ระวัง หลังพบชุดตรวจ PCR บางยี่ห้อจับพันธุ์ใหม่ “โอไมครอน” ไม่ได้ ให้ผลลวง

28 พฤศจิกายน 2564 เฟซบุ๊ก “ศูนย์จีโนมทางการแพทย์ (Center for Medical Genomics) คณะแพทยศาสตร์ โรงพยาบาลรามาธิบดี มหาวิทยาลัยมหิดล” โพสต์ข้อความให้ความรู้เกี่ยวกับการจะตรวจคัดกรอง “Omicron (B.1.1.529)” โควิดกลายพันธุ์ที่น่ากังวล (VOC) ตัวใหม่ล่าสุดกันอย่างไร ดังนี้...

วันที่ 24 พฤศจิกายน 2021 ประเทศแอฟริกาใต้ รายงานไปยัง WHO ถึงการตรวจพบ “B.1.1.529” จากตัวอย่างที่เก็บจากผู้ติดเชื้อคาดว่าเป็นรายแรกเมื่อวันที่ 9 พฤศจิกายน 2021

26 พฤศจิกายน 2564 WHO กําหนดให้ B.1.1.529 เป็น สายพันธุ์ที่น่ากังวล (variants of concern)* โดยให้ชื่อว่า “Omicron” เนื่องจากมีการแพร่ติดต่อระหว่างคนสู่คนอย่างรวดเร็ว และมีการกลายพันธุ์ต่างไปจากไวรัสดั้งเดิมถึงกว่า 60 ตำแหน่ง หลายตำแหน่งเป็นการกลายพันธุ์ที่ WHO เคยระบุไว้ว่าเป็น สายพันธุ์ที่น่ากังวล (variants of concern; VOC) หรือสายพันธุ์ที่ต้องให้ความสนใจ (variants of interest; VOI) เช่น สายพันธุ์ อัลฟา เบตา แกมมา เดลตา ฯลฯ

การวินิจฉัย “B.1.1.529” ทางห้องปฏิบัติการ  ปัจจุบันยังคงตรวจพบสายพันธุ์นี้ได้ด้วยชุดตรวจ "ATK"  และ “PCR”  อย่างไรก็ดีห้องปฏิบัติการหลายแห่งระบุว่าสําหรับการทดสอบ PCR ที่ตรวจไวรัสโควิด 2019  พร้อมกัน 3 ยีน จะมียีน "S” ที่อาจจะตรวจจับไม่ได้เนื่องจากมีการกลายพันธุ์ไปมาก (S dropout)  WHO  กล่าวว่าข้อสังเกตนี้สามารถใช้เป็นตัวคัดกรองตัวอย่างต้องสงสัยว่าจะเป็นสายพันธุ์  “Omicron” ได้

27 พฤศจิกายน 2564 ศูนย์จีโนมทางการแพทย์  รพ. รามาธิบดี ประสานกับห้องปฏิบัติการไวรัสวิทยา รพ. รามาธิบดี ให้เฝ้าระวัง ตัวอย่าง S dropout หากพบเพื่อความรวดเร็วจะนำมาตรวจจีโนไทป์กับตัวตรวจตาม 40 ตำแหน่งด้วยเทคโนโลยี “Mass array”ให้แล้วเสร็จใน 24-48 ชั่วโมง เนื่องจากจะมีต้นทุนที่ประหยัดกว่าการถอดรหัสพันธุ์กรรมทั้งจีโนม เพื่อให้ทราบว่าเป็นสายพันธุ์ Omicron (B.1.1.529) ในเบื้องต้นหรือไม่   (ภาพ 1)

อนึ่งชุดตรวจสายพันธุ์ Omicron (B.1.1.529) ซึ่งจะตรวจ "40 ตำแหน่ง" บนจีโนมไวรัสพร้อมกันโดยอาศัยเทคโนโลยี "Mass Array" คาดว่าจะแล้วเสร็จใช้งานได้ในอีก 2 สัปดาห์จากนี้  ซึ่งจะสามารถตรวจสายพันธุ์ Omicron ได้ 1,000 ตัวอย่างต่อสัปดาห์ หากมีความจำเป็น

จากนั้นมีการยืนยันผลด้วยเครื่องถอดรหัสพันธุกรรมรุ่นที่ 3 (3rd generation sequencer) ซี่งจะถอดรหัส SARS-CoV-2 ทั้งจีโนมแล้วเสร็จได้อย่างรวดเร็วใน 48-72 ชั่วโมงโดยไม่ต้องรอทำตัวอย่างครั้งละมากๆ แต่หากมีความจำเป็นต้องทำจำนวนมากก็ สามารถรองรับการถอดรหัสพันธุกรรมทั้งจีโนมของไวรัสโคโรนา 2019 ได้ประมาณ 100 รายต่อสัปดาห์ เพื่อดูรายละเอียดของการกลายพันธุ์ทังจีโนม 3 หมื่นตำแหน่ง (ภาพ 2)

ส่งลําดับจีโนมที่สมบูรณ์และข้อมูลที่เกี่ยวข้องทางระบาดวิทยาและทางคลินิกไปยังฐานข้อมูลที่เปิดเผยต่อสาธารณะ เช่น “GISAID”  ภายใน 48 ชั่วโมงหลังได้ข้อมูลรหัสพันธุกรรมทั้งจีโนมของ Omicron  (ภาพ 3)

ร่วมมือกับกรมวิทยาศาสตร์การแพทย์ กระทรวงสาธารณสุขอย่างใกล้ชิดในการร่วมด้วยช่วยกันถอดรหัสพันธุกรรมไวรัสโคโรนา 2019 จากตัวอย่างทั่วประเทศ

Omicron (B.1.1.529) คาดว่าจะก่อให้เกิดการระบาดของโควิด-19 ระลอกใหม่ในแอฟริกา (ภาพ 4) และอาจเกิดการระบาดไปทั่วโลกได้  ขณะนี้พบว่ามีการแพร่ติดต่ออย่างรวดเร็วเหนือกว่าเดลตา และกลายพันธุ์ต่างไปจากไวรัสดั้งเดิม (Wuhan virus) มากกว่า 60  ตำแหน่ง  (ภาพ 5)

*คำจำกัดความของการกลายพันธุ์ที่น่ากังวล (variant of concern) ของ WHO คือ

ไวรัสกลายพันธุ์ที่

1. มีการแพร่ติดต่อเพิ่มขึ้นที่จะเป็นอันตรายต่อประชาชน

2.  เพิ่มความรุนแรงในด้านอาการทางคลินิก หรือ

3. ลดประสิทธิผลของมาตรการด้านสาธารณสุขและสังคม หรือการตรวจวินิจฉัยทางห้องปฏิบัติการ เช่น ATK หรือ PCR  ด้อยประสิทธิภาพวัคซีน ยาต้านไวรัสที่มีใช้อยู่

นอกจากนี้ ศูนย์จีโนมทางการแพทย์ โรงพยาบาลรามาธิบดี ยังโพสต์ข้อความเกี่ยวกับ PCR ที่ใช้ตรวจไวรัสโคโรนา 2019  ยังสามารถตรวจจับสายพันธุ์ “โอไมครอน (B.1.1.529)W ได้หรือไม่ ดังนี้...

วันที่ 27 พฤศจิกายน 2564 นักวิทยาศาสตร์แอฟริกาได้ “อัปโหลด” รหัสพันธุกรรมทั้งจีโนม (whole genome sequence) ของไวรัสโคโรนา 2019 จำนวนกว่า 115  ตัวอย่างขึ้นบนฐานข้อมูลโควิดโลก “GISAID”  เป็นที่เรียบร้อย  เพื่อให้นักวิจัยทั่วโลกได้นำไปศึกษาวิจัย เพื่อพัฒนาการตรวจวินิจฉัยทางห้องปฏิบัติการ การป้องกัน และรักษา

ทางศูนย์จีโนมทางการแพทย์  รพ. รามาธิบดี ได้ดาวน์โหลดรหัสพันธุกรรมทั้งจีโนมของ "โอไมครอน" ทั้ง 115 ตัวอย่างมาทดสอบด้วยวิธีชีวสารสนเทศกับตัวตรวจตาม (PCR primer) ของชุดตรวจ PCR ที่ทาง WHO ให้การรับรอง ผ่านโปรแกรม “ “Nextclade” (https://clades.nextstrain.org/) ปรากฏว่าจากการวิเคราะห์ผลบน"คอมพิวเตอร์" ทั้ง 115 ตัวอย่างมีแนวโน้มว่าอาจเกิดปัญหาไม่มากก็น้อยกับชุดตรวจ PCR  บางยี่ห้อ คืออาจให้ผลบวกอ่อนลง (weakly positive) หรือเกิดผลลบปลอม (false negative) ขึ้นได้ เนื่องจากตัวตรวจตาม (PCR Primer) ของยี่ห้อดังกล่าวมีรหัสพันธุ์กรรมของตัวตรวจตาม (PCR Primer) ที่บ่งชี้ว่าอาจตรวจจับกับส่วนจีโนมของสายพันธุ์โอไมครอนได้ไม่ดีหรือจับไม่ได้เลยเนื่องจากไวรัสมีการกลายพันธุ์ไปมาก

ดังนั้นศูนย์รับตรวจโควิด-PCR คงต้องระมัดระวังเลือกใช้ชุดตรวจ PCR ที่ผ่านการทดสอบว่าไม่มีปัญหาในการตรวจจับสายพันธุ์ “โอไมครอน”

-005