หลังจากที่หลวงตามหาบัว ญาณสัมปันโนได้ละสังขาร พระอาจารย์สุดใจ ทนฺตมโน เจ้าอาวาสวัดเกษรศีลคุณ (วัดป่าบ้านตาด) ได้กราบทูลสมเด็จพระเจ้าลูกเธอ เจ้าฟ้าจุฬาภรณวลัยลักษณ์อัครราชกุมารี ถึงความประสงค์ของเหล่าศิษยานุศิษย์ทั้งหลายของหลวงตามหาบัวญาณสัมปันโน ซึ่งต่างเห็นชอบให้สร้างพระเจดีย์และพิพิธภัณฑ์ธรรมเจดีย์พระธรรมวิสุทธิมงคล เพื่อถวายเป็นธรรมบูชาแก่พระพุทธศาสนา ทั้งนี้เป็นไปตามเจตนารมณ์ของหลวงตามหาบัวญาณสัมปันโน เพื่อให้เป็นสถานที่เผยแพร่คำสอนพุทธศาสนาและเป็นศูนย์รวมจิตใจของพุทธศาสนิกชน

อีกทั้งเป็นอนุสรณ์สถานเก็บรวบรวมประวัติหนังสือ คำสอน และเครื่องอัฐบริขารของหลวงตามหาบัว เพื่อเตือนใจให้เยาวชน คนรุ่นหลังทั้งสงฆ์และฆราวาสได้รำลึกถึงคุณูปการทั้งในทางโลกและทางธรรมและถือเป็นแบบอย่างในการปฏิบัติและทำความดีเพื่อพุทธศาสนาและประเทศชาติต่อไปโดยได้ทูลเชิญสมเด็จพระเจ้าลูกเธอ เจ้าฟ้าจุฬาภรณวลัยลักษณ์ อัครราชกุมารี ทรงเป็นองค์ประธานในการสร้างพิพิธภัณฑ์ธรรมเจดีย์พระธรรมวิสุทธิมงคล (หลวงตามหาบัว ญาณสัมปันโน)ดังกล่าว

ในการนี้ ได้ทรงพระกรุณา ให้ พระเจ้าหลานเธอ พระองค์เจ้าสิริภาจุฑาภรณ์ และทีมงานสยามรีโนเวทดำเนินการออกแบบก่อสร้างพิพิธภัณฑ์ธรรมเจดีย์พระธรรมวิสุทธิมงคล (หลวงตามหาบัว ญาณสัมปันโน) โดยไม่มีค่าใช้จ่ายใดๆ ทั้งสิ้น

ดังนั้น เพื่อเป็นการเตรียมหาข้อมูลในการออกแบบให้ครบถ้วนพระเจ้าหลานเธอ พระองค์เจ้าสิริภาจุฑาภรณ์ ได้เสด็จลงพื้นที่ที่จะดำเนินการก่อสร้างด้วยพระองค์เองพร้อมด้วยทีมงานสยามรีโนเวทหลายครั้งได้ประทานแนวคิดการออกแบบ ตลอดจนการวางผังแม่บทของพื้นที่ก่อสร้างพระเจดีย์พระธรรมวิสุทธิมงคล (หลวงตามหาบัว ญาณสัมปันโน) โดยวางผังกลุ่มอาคารตามคติความเชื่อแผนภูมิจักรวาล ประกอบด้วยอาคาร 3 หลัง ได้แก่ พระเจดีย์พระวิหาร และพิพิธภัณฑ์

การออกแบบได้กำหนดวางองค์พระเจดีย์เป็นศูนย์กลางของกลุ่มงานสถาปัตยกรรมทั้งหมด โดยให้แกนของพระเจดีย์มุ่งสู่ศูนย์กลางคือจิตกาธานองค์หลวงตามหาบัวฯ และรักษาแนวแกนการก่อสร้างไปในทิศทางเดียวกับแดนพุทธภูมิคือเมืองพาราณสี ในสาธารณรัฐอินเดีย เป็นนัยสื่อความหมายว่าศาสนพิธี หรือสังฆกรรมทั้งปวงที่จะเกิดขึ้น ณ ที่แห่งนี้จะมีองค์สมเด็จพระสัมมาสัมพุทธเจ้าทรงเป็นองค์ประธานร่วมรับรู้ในพิธีกรรมเหล่านั้นทุกครั้ง การวางทิศทางเพื่อกำหนดรูปแบบที่สำคัญเช่นนี้ ทำให้พุทธศาสนิกชนที่มากราบไว้พระเจดีย์องค์หลวงตามหาบัวฯ ได้กราบจิตกาธานองค์หลวงตามหาบัวฯ พร้อมๆ กับได้กราบพระบรมศาสดา ณ เมืองพาราณสีในคราวเดียวกันด้วย

ลักษณะของพระเจดีย์ พระวิหาร และพิพิธภัณฑ์ สร้างสรรค์จากแรงบันดาลใจจากสถาปัตยกรรมศิลปะล้านช้างผสมผสานกับศิลปะยุคกรุงรัตนโกสินทร์ในปัจจุบัน สะท้อนให้เห็นถึงการสืบทอดพระพุทธศาสนาในถิ่นอีสานยังคงดำรงอย่างมั่นคงและเจริญรุ่งเรืองต่อไปในอนาคตให้อนุชนคนรุ่นหลังได้ประจักษ์

บัดนี้ พระเจ้าหลานเธอ พระองค์เจ้าสิริภาจุฑาภรณ์ และทีมงานสยามรีโนเวท ได้ดำเนินการออกแบบก่อสร้างพิพิธภัณฑ์ธรรมเจดีย์พระธรรมวิสุทธิมงคล (หลวงตามหาบัวญาณสัมปันโน) แล้วเสร็จสมบูรณ์ โดยได้ขอประทานพระวินิจฉัยจากสมเด็จพระเจ้าลูกเธอ เจ้าฟ้าจุฬาภรณวลัยลักษณ์ อัครราชกุมารีองค์ประธานโครงการแล้ว และขณะนี้ได้ส่งมอบแบบก่อสร้างให้แก่นายชยาวุธ จันทร ผู้ว่าราชการจังหวัดอุดรธานี เรียบร้อยแล้ว