วันที่ 16 มกราคม 2564 ผู้สื่อข่าวรายงานว่าทางกระทรวงคมนาคมได้ออกแถลงการณ์ระบุว่าตามที่กรุงเทพมหานครได้มีประกาศ เพื่อปรับอัตราค่าโดยสารรถไฟฟ้าสายสีเขียวลงวันที่ 15 ม.ค.2564 โดยมีสาระสำคัญในการกำหนดอัตราค่าโดยสารรถไฟฟ้าสายสีเขียวสูงสุดถึง 104 บาทตลอดสาย ซึ่งเป็นการกำหนดอัตราค่าโดยสารที่เป็นภาระค่าเดินทางแก่ประชาชนโดยขาดการดำเนินการตามมติคณะรัฐมนตรีเมื่อวันที่ 26 พ.ย. 2561 ในคราวที่เห็นชอบการจำหน่ายอสังหาริมทรัพย์สายสีเขียวส่วนต่อขยายระหว่างการรถไฟฟ้าขนส่งมวลชนแห่งประเทศไทย กับ กรุงเทพมหานครที่ได้กำหนดให้กระทรวงคมนาคมบูรณาการร่วมกับกรุงเทพมหานครในการกำหนดอัตราแรกเข้าอัตราค่าโดยสารที่เป็นธรรมและไม่เป็นภาระแก่ประชาชนนั้น ทางกระทรวงคมนาคมจึงขอเรียกร้องให้ กรุงเทพมหานครชะลอการปรับขึ้นราคาค่าโดยสารสายสีเขียวดังกล่าว จนกว่าจะได้มีการพิจารณาร่วมกันระหว่างทุกฝ่าย และหาหนทางอันเป็นประโยชน์ต่อการดำเนินโครงการ บริหารจัดการ ที่เป็นประโยชน์สูงสุดต่อประเทศชาติและประชาชนผู้ใช้บริการ

ทั้งนี้ในเรื่องขอการปรับแก้ไขสัญญารถไฟฟ้าสายสีเขียวตามที่ กทม. ได้พิจารณานำเสนอคณะรัฐมนตรี ที่ผ่านมากระทรวงคมนาคมได้มีหนังสือถึงกระทรวงมหาดไทย และกรุงเทพมหานคร เพื่อขอเอกสารที่เกี่ยวข้อง เช่น ผลการศึกษาของโครงการ แนวทางการกำหนดอัตราค่าโดยสาร ต้นทุนของโครงการ และเอกสารอื่น ๆ เพื่อนำมาศึกษา และให้ความเห็นต่อคณะรัฐมนตรีเพื่อให้เกิดการลดอัตราค่าโดยสารสูงสุดจาก 65 บาท ที่ กทม เสนอ ใช้เป็นฐานถึงปี พ.ศ.2602 (38ปี) ลงเหลือไม่เกินอัตราแนวทางที่ระบบรถไฟฟ้าสายอื่นๆในสังกัดกระทรวงคมนาคมกำหนดใช้ เช่น สีน้ำเงิน สีชมพู สีเหลือง สีม่วง ที่ไม่เกินอัตราสูงสุดที่ 42 บาท แต่กระทรวงคมนาคมยังไม่ได้รับเอกสารที่เกี่ยวข้องดังกล่าวเป็นเวลาประมาณ 1 เดือนที่ผ่านมา ซึ่งหวังเป็นอย่างยิ่งว่าทุกฝ่ายจะได้ร่วมมือกัน เพื่อช่วยกันลดอัตราค่าใช้จ่ายในการแก่ประชาชนต่อไป