ประสิทธิผลของวัคซีนแต่ละตัวที่ทำการศึกษากันคนละประเทศ กลุ่มประชากรต่างกัน ช่วงเวลาต่างกันสถานการณ์การระบาดต่างกันไม่สามารถนำมาเปรียบเทียบกันได้ เหมือนม้าแข่งคนละสนาม นานๆ จะมีการศึกษาประสิทธิผลของวัคซีน2 ชนิด ในประเทศเดียวกัน กลุ่มประชากรกลุ่มเดียวกัน ในช่วงเวลาและสถานการณ์การระบาดแบบเดียวกัน อันนี้จึงจะสามารถเปรียบเทียบกันได้ เหมือนจับม้ามาแข่งสนามเดียวกัน

มีการตีพิมพ์งานวิจัยเมื่อ2 กันยายน 2564 เรื่องประสิทธิผลของวัคซีนโควิด 19 ชนิดเชื้อตายในชิลี ลงในวารสารทางการแพทย์นิวอิงแลนด์ เป็นการศึกษาระหว่างวันที่ 2 กุมภาพันธ์ ถึง 1 พฤษภาคม 2564 ในประชากร 10.2 ล้านคนที่ได้รับวัคซีนของบริษัทซิโนแวค (CoronaVac) เปรียบเทียบกับผู้ที่ไม่ได้รับวัคซีน พบว่าประสิทธิผลหลังได้รับวัคซีนของบริษัทซิโนแวคเข็มแรกป้องกันการมีอาการ 15.5% ป้องกันการนอน รพ. 37.4% ป้องกันการนอนICU 44.7% และป้องกันการเสียชีวิต 45.7% ประสิทธิผลหลังได้รับวัคซีนของบริษัทซิโนแวคครบ 2 เข็ม : ป้องกันการมีอาการ 65.9% ป้องกันการนอน รพ. 87.5% ป้องกันการนอน ICU 90.3% และป้องกันการเสียชีวิต 86.3%

ในรายงานนี้มีภาคผนวกแสดงประสิทธิผลหลังได้รับวัคซีนของบริษัทไฟเซอร์ (BNT162b2 mRNA Covid-19vaccine) ในช่วงเวลาเดียวกัน มีผู้ได้รับวัคซีนครบ 2 เข็ม 490,760 คน พบว่า ประสิทธิผลหลังได้รับวัคซีนของบริษัทไฟเซอร์ครบ 2 เข็ม : ป้องกันการมีอาการ92.6% ป้องกันการนอน รพ. 95.1% ป้องกันการนอน ICU 96.2% และป้องกันการเสียชีวิต 91.0%

จะเห็นว่าประสิทธิผลของวัคซีนไฟเซอร์ดีกว่าวัคซีนซิโนแวคในทุกด้าน โดยเฉพาะการป้องกันการมีอาการของโควิด 19 โดยวัคซีนซิโนแวคมีประสิทธิผลต่ำมากเมื่อได้เพียงเข็มเดียว แต่เมื่อได้รับวัคซีนครบ 2 เข็มแล้ววัคซีนทั้งสองชนิดก็ช่วยป้องกันการนอนโรงพยาบาลการนอน ICU และการเสียชีวิตได้ดี

แต่การศึกษานี้อาจไม่สามารถนำมาใช้กับสถานการณ์ปัจจุบันได้ เนื่องจากการระบาดของสายพันธุ์เดลต้า ซึ่งทำให้ประสิทธิผลของวัคซีนทุกชนิดลดลง และการศึกษานี้ใช้เวลาติดตามหลังได้รับเข็มที่ 2 ไม่นานนัก ความรู้ในปัจจุบันพบว่าวัคซีนเชื้อตาย ภูมิคุ้มกันจะลดลงมากหลังเข็มที่ 2 ไปแล้วนานเกินกว่า 2-3 เดือน ซึ่งน่าจะทำให้ประสิทธิผลในด้านต่างๆลดลงมากอีกด้วย