ตามที่หัวหน้าคณะรักษาความสงบแห่งชาติ ใช้คำสั่งมาตรา 44 ในการจัดระเบียบและแก้ไขปัญหาธรรมาภิบาลในสถาบันอุดมศึกษามหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคลตะวันออก และแต่งตั้งคณะบุคคลเพื่อปฏิบัติหน้าที่แทนสภามหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคลตะวันออก ตั้งแต่วันที่ 11 ตุลาคม 2559 เป็นต้นมา และในที่ประชุมคณะกรรมการปฏิบัติหน้าที่แทนสภา มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคลตะวันออก เมื่อวันที่ 19 ตุลาคม 2560 ได้มีมติเห็นชอบให้เสนอขอพระราชทานโปรดเกล้าโปรดกระหม่อมแต่งตั้ง นายสมชาย ปฐมศิริ ดำรงตำแหน่ง อธิการบดีมหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคลตะวันออก นั้น

บัดนี้ ประกาศสานักนายกรัฐมนตรี เรื่อง แต่งตั้ง อธิการบดีมหาวิทยาลัยราชมงคลตะวันออก ลงวันที่ 22 พฤศจิกายน 2561 ประกาศระบุว่า ตามที่ได้มีพระราชโองการโปรดเกล้าฯ แต่งตั้ง นายสมชาย ปฐมศิริ ให้ดำรงตำแหน่งอธิการบดีมหาวิทยาลัยราชมงคลตะวันออก ตั้งแต่วันที่ 18 พฤศจิกายน 2561 ผู้รับสนองพระราชโองการ พลอากาศเอก ประจิน จั่นตอง

นับเป็นมหาวิทยาลัยแห่งแรกที่ได้ผ่านบทพิสูจน์ถึงความพร้อมในการดาเนินการจัดการศึกษาอย่างมีธรรมภิบาลและก้าวสู้การพัฒนาอย่างต่อเนื่องต่อไป