บริษัท ไทยลีก จำกัด ประกาศแบ่งโซนการแข่งขันฟุตบอลมังกรฟ้า ลีก (ไทยลีก 3) ประจำฤดูกาล 2564/65 โดย การแข่งขันฟุตบอลมังกรฟ้า ลีก ฤดูกาล 2564/65 ได้มีทีมเข้าร่วมการแข่งขันทั้งสิ้น 75 ทีมด้วยกัน และการแข่งขันในรอบแบ่งโซนมีการแบ่งเป็น 6 โซนดังนี้
โซนภาคเหนือ (12 ทีม) : อุตรดิตถ์ เอฟซี, น่าน เอฟซี, พิษณุโลก เอฟซี, แม่โจ้ ยูไนเต็ดเชียงใหม่, สี่แคว ซิตี้นครสวรรค์, เชียงราย ล้านนา, นอร์ทเทิร์นตาก ยูไนเต็ด, กำแพงเพชร เอฟซี, เชียงราย ซิตี้, วัดโบสถ์ ซิตี้พิษณุโลก, อุทัยธานี เอฟซี, นครแม่สอด ยูไนเต็ด ตาก รวม 22 นัด
โซนภาคะตะวันออกเฉียงเหนือ (13 ทีม) : สกลนคร ทรูวิชั่น เอฟซี, ขอนแก่นมอดินแดง ฟุตบอลคลับ, นครราชสีมา ยูไนเต็ด, สุรินทร์ โขงชีมูล เอฟซี, มหาสารคาม  เอฟซี,  ชัยภูมิ เอฟซี, สุรินทร์ ซิตี้, ยโสธร เอฟซี, อุดรธานี ยูไนเต็ด, เมืองเลย ยูไนเต็ด, อุบลราชธานี เอฟซี, ศรีสะเกษ เอฟซี, ศรีสะเกษ ยูไนเต็ด รวม 24 นัด
โซนภาคตะวันออก (12 ทีม) : อัศวิน เกาะขวาง ยูไนเต็ดระยอง, นาวิกโยธิน ยูเรก้า เอฟซี, สอ.รฝ. เอฟซี, ฉะเชิงเทรา  เอฟซี, สระแก้ว เอฟซี, บ้านบึง เอฟซี, บ้านค่าย ยูไนเต็ดระยอง, พัทยา ดอลฟิน ยูไนเต็ด, สายมิตรกบินทร์ ยูไนเต็ด, สโมสรฟุตบอลกองเรือยุทธการ, ปลวกแดง ยูไนเต็ดระยอง, จันทบุรี เอฟซีรวม22นัด
โซนภาคตะวันตก (11 ทีม) : หัวหิน ซิตี้, อัสสัมชัญ ยูไนเต็ด, ทวีวัฒนา สมุทรสาคร ยูไนเต็ด, สระบุรี ยูไนเต็ด, สมุทรสงคราม เอฟซี, กาญจนพัฒน์ เอฟซี, สิงห์ระฆังทอง กาญจนบุรี เอฟซี, บางปะอิน อยุธยา เอฟซี, อ่างทอง เอฟซี, มหาวิทยาลัยปทุมธานี, ชัยนาท ยูไนเต็ดรวม 20 นัด
โซนกรุงเทพมหานคร และปริมณฑล (14 ทีม) : เกร็กคู สายไหม ยูไนเต็ด, พราม แบ็งค็อก, เอสทีเค เมืองนนท์ เอฟซี, สยาม เอฟซี, ธนบุรี ยูไนเต็ด, สมุทรปราการ เอฟซี, อินเตอร์ แบงค็อก, ทหารบก เอฟซี, ทหารอากาศ เอฟซี, จามจุรี ยูไนเต็ด, บางกอก เอฟซี, นนทบุรี ยูไนเต็ด ส.บุญมีฤทธิ์, มหาวิทยาลัยเกษมบัณฑิต เอฟซี, มหาวิทยาลัยนอร์ทกรุงเทพ รวม 26 นัด
โซนภาคใต้ (13 ทีม) : เอ็มเอชคอน สุราษฏร์ฯ ซิตี้, สตูล ยูไนเต็ด, พัทลุง เอฟซี, สุราษฏร์ธานี เอฟซี, ยาลอ ซิตี้ยะลา, สงขลา เอฟซี, ป่าตอง ซิตี้ภูเก็ต, กระบี่ เอฟซี, นครศรี ยูไนเต็ด, ตรัง เอฟซี, นรา ยูไนเต็ด, ปัตตานี เอฟซี,  หาดใหญ่ ยูไนเต็ดสงขลา รวม 24 นัด
ทั้งนี้ การแข่งขันฟุตบอลมังกรฟ้า ลีก ฤดูกาล 2564/65 จะเริ่มแข่งขันในวันที่ 4 กันยายน 2564