จากกรณีที่นายเรืองไกร ลีกิจวัฒนะ  ระบุมีข้อสังเกตจากรายงานการเงินแผ่นดินเรื่องผลขาดทุนจากโครงการรับจำนำข้าว ในกรณีสภานิติบัญญัติแห่งชาติ (สนช.) ประชุมรับทราบรายงานการเงินแผ่นดินสิ้นสุดวันที่ 30 กันยายน 2558 และ 2557 ว่า รายงานดังกล่าวไม่มีผลขาดทุนจากโครงการรับจำนำข้าว  536,908.30 ล้านบาท ตามที่มีการระบุในคำพิพากษาศาลฎีกาแผนกคดีอาญานักการเมือง

นางสาวสุทธิรัตน์ รัตนโชติ อธิบดีกรมบัญชีกลาง กล่าวว่า หลักการจัดทำบัญชีและรายงานการเงินแผ่นดินปัจจุบันเป็นหลักการที่ได้นำเสนอคณะรัฐมนตรี เพื่อรับทราบการปรับเปลี่ยนหลักการจัดทำรายงานการเงินของแผ่นดิน เมื่อวันที่ 25 สิงหาคม 2552 ให้จัดทำตามเกณฑ์คงค้างแบบผสม โดยกรมบัญชีกลางทำบัญชีชุดรัฐบาลโดยบันทึกข้อมูลการรับจ่ายเงินคงคลังของรัฐบาลเป็นหลักด้วยเกณฑ์เงินสด ประกอบด้วย รายการเงินรายได้แผ่นดิน เงินงบประมาณรายจ่าย และเงินนอกงบประมาณที่ส่วนราชการฝากไว้กับกระทรวงการคลังและจะปรับปรุงบัญชีค้างรับค้างจ่ายตามเกณฑ์คงค้างเมื่อสิ้นปีงบประมาณ

นางสาวสุทธิรัตน์ กล่าวว่า กรมบัญชีกลางรวบรวมข้อมูลที่มีสาระสำคัญเฉพาะสินทรัพย์และหนี้สินของรัฐบาลจากส่วนราชการที่ทำหน้าที่บริหารจัดการแทนรัฐบาล ได้แก่ ข้อมูลที่ดินราชพัสดุจากกรมธนารักษ์ ข้อมูลเงินลงทุนจากสำนักงานรัฐวิสาหกิจ และข้อมูลหนี้สาธารณะจากสำนักงานบริหารหนี้สาธารณะ ตามลำดับ มาปรับปรุงบัญชีชุดรัฐบาล กรมบัญชีกลางนำข้อมูลบัญชีแสดงในรายงานการเงินแผ่นดินส่งให้ สตง.ตรวจสอบและรับรอง ก่อนนำเสนอคณะรัฐมนตรีและรัฐสภา ตั้งแต่ปีงบประมาณ 2548 เป็นต้นมา

สำหรับโครงการรับจำนำข้าว เป็นโครงการที่ใช้เงินของธนาคารเพื่อการเกษตรและสหกรณ์การเกษตร (ธ.ก.ส.) ดำเนินการไปก่อนแล้วรัฐบาลจึงตั้งงบประมาณชดใช้คืนเป็นรายปีจนกว่าจะครบวงเงิน ดังนั้น  ธ.ก.ส.จึงเป็นผู้ทำบัญชีโครงการนี้ เพื่อแสดงต่อรัฐบาลประกอบการขอตั้งงบประมาณ  ธ.ก.ส.จึงไม่ต้องส่งข้อมูลดังกล่าวให้กรมบัญชีกลาง เนื่องจากเป็นรายการที่ไม่ต้องนำมาทำบัญชีในชุดรัฐบาล อย่างไรก็ตาม กรมบัญชีกลางจะรับรู้รายการนี้และลงบัญชีเฉพาะการจ่ายเงินงบประมาณใช้คืนให้ ธ.ก.ส.โดยลงบัญชีเป็นรายจ่ายตามงบประมาณตามปกติในปีที่ ธ.ก.ส.ได้รับการจัดสรรงบประมาณ

อธิบดีกรมบัญชีกลาง กล่าวเพิ่มเติมว่า จากหลักการจัดทำบัญชีและรายงานการเงินแผ่นดินตามเกณฑ์คงค้างแบบผสมดังกล่าว จึงไม่มีหรือไม่สามารถมีรายการผลขาดทุนจากโครงการรับจำนำข้าวตามคำพิพากษาศาลฎีกาแผนกคดีอาญานักการเมือง 536,908.30 ล้านบาท ที่ดำเนินการโดย ธ.ก.ส.เป็นรายการบัญชีค่าใช้จ่ายแยกต่างหากในรายงานการเงินแผ่นดินที่กรมบัญชีกลางจัดทำสำหรับปีสิ้นสุด 30 กันยายน 2558 และ 2557 ได้ ซึ่งเป็นไปตามหลักการบัญชีที่ได้เสนอ ครม.รับทราบ