จากกรณีที่มีอาจารย์มหาวิทยาลัยบูรพาไปยื่นหนังสือต่อรัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการ ถึงกรณีขอให้มีคำสั่งยุติบทบาทการทำหน้าที่ของศาสตราจารย์ นายแพทย์สมพล พงศ์ไทย ผู้รักษาการแทนอธิการบดีมหาวิทยาลัยบูรพา และขอให้สำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษา (สกอ.) ส่งบุคคลที่เป็นคนกลางมารักษาการแทนอธิการบดีมหาวิทยาลัยบูรพาแทน ศาสตราจารย์ นายแพทย์สมพล พงศ์ไทย ก่อนที่มหาวิทยาลัยจะมีความเสียหายมากไปกว่านี้นั้น ต่อมาเลขาธิการคณะกรรมการการอุดมศึกษา (สกอ.) รองศาสตราจารย์ นายแพทย์กำจร ตติยกวี ให้สัมภาษณ์ผู้สื่อข่าวว่า เท่าที่ทราบการแต่งตั้งรักษาการแทนอธิการบดีมหาวิทยาลัยบูรพาไม่ได้ปฏิบัติผิดข้อบังคับ จึงต้องปล่อยให้สภามหาวิทยาลัยเป็นผู้สรรหาต่อไปนั้น เป็นการพูดที่ไม่ถูกต้องตามข้อเท็จจริง และไม่เป็นกลาง

ข้อเท็จจริงคือ มีบุคลากรของ ม.บูรพา ทั้งอาจารย์และเจ้าหน้าที่ไปฟ้องต่อศาลปกครองระยอง ในคดี บ.19/2557, บ.21/2557 และ บ.26/2557 ให้ศาลปกครองพิจารณาสั่งให้สภามหาวิทยาลัยบูรพาดำเนินการสรรหาอธิการบดีต่อในข้อที่ 20 ตามข้อบังคับว่าด้วยคุณสมบัติและวิธีการสรรหาอธิการบดี พ.ศ.2552 ซึ่งสภามหาวิทยาลัยบูรพาจะต้องเลือกผู้ที่คณะกรรมการสรรหาได้เลือกไว้ 3 คน ได้แก่ รองศาสตราจารย์ชาลี มณีศรี, ผู้ช่วยศาสตราจารย์ ดร.บรรพต วิรุณราช และ ศาสตราจารย์ ดร.สุชาติอุปถัมภ์ แต่สภา ม.บูรพาไม่ดำเนินการตามข้อบังคับฯ แต่กลับใช้เสียงส่วนใหญ่ไปแต่งตั้งรักษาการแทนอธิการบดีและล้มเลิกผลการสรรหาอธิการบดีที่คณะกรรมการสรรหาดำเนินการมาถูกต้องตามข้อบังคับฯ แล้ว จึงเป็นการกระทำที่อาจจะผิดกฎหมายซึ่งเป็นคดีฟ้องศาลอยู่ในปัจจุบัน อีกทั้งการประชุมสภา ม.บูรพา ในวันที่ 24 พฤษภาคม 2557 เป็นวันที่คณะรักษาความสงบแห่งชาติ (คสช.) มีประกาศฉบับที่ 9 ให้สถานศึกษาทุกแห่งทั้งของรัฐและเอกชนหยุดทำการ กรรมการสภาส่วนหนึ่งจึงมีการทำหนังสือคัดค้านขอให้เลื่อนการประชุมออกไปเป็นหลังวันที่25 พฤษภาคม 2557 เพื่อปฏิบัติตามคำสั่งของ คสช. อย่างเคร่งครัด แต่ผู้รักษาการแทนนายกสภามหาวิทยาลัยไม่ฟังกลับนัดประชุมสภาใน วันดังกล่าว ซึ่งฝ่าฝืนคำสั่งของ คสช. และได้มีมติแต่งตั้งรักษาการแทนอธิการบดี โดยเลือกผู้ที่สมัครเข้ารับการสรรหาอธิการบดี แต่ไม่ได้รับการคัดเลือกเป็นผู้รักษาการแทนในวันที่ 24 พฤษภาคม 2557

ด้วยกรณีดังกล่าวการที่เลขาธิการคณะกรรมการการอุดมศึกษา ให้สัมภาษณ์ว่า การแต่งตั้งรักษาการแทนอธิการบดีไม่ได้ปฏิบัติผิดข้อบังคับ จึงปล่อยให้สรรหาไป จึงไม่น่าจะถูกต้องและไม่เป็นกลาง เป็นการชี้นำและขาดหลักธรรมาภิบาล เพราะเรื่องยังอยู่ในกระบวนการพิจารณาของศาล อีกทั้งการที่เลขาธิการคณะกรรมการการอุดมศึกษาแจ้งว่าไม่มีอำนาจไปตรวจสอบปัญหาที่เกิดขึ้นใน ม.บูรพา นั้นก็ไม่น่าจะถูกต้องเพราะเท่าที่ทราบนั้น รัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการได้สั่งการให้เลขาธิการคณะกรรมการการอุดมศึกษาไปตรวจสอบข้อเท็จจริงเรื่องนี้ตั้งนานแล้ว แต่ท่านอาจจะไม่ตรวจสอบหลักฐานข้อเท็จจริง และเมื่อพิจารณาพระราชบัญญัติการศึกษาแห่งชาติแล้ว พบว่า รัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการมีอำนาจในด้านการกำกับดูแลมหาวิทยาลัยในกำกับของรัฐที่ได้รับงบประมาณแผ่นดินจากรัฐทุกแห่งได้