8 ธ.ค.59 มีรายงานข่าวแจ้งว่า เจ้าคณะจังหวัดปทุมธานี ได้ทำหนังสือให้ พระเทพญาณมหามุนี หรือพระธัมมชโย พ้นจากตำแหน่งเจ้าอาวาสวัดพระธรรมกายอย่างเป็นทางการแล้ว โดยหนังสือมีข้อความระบุว่า

ตามที่จังหวัดได้รับรายงานจากเจ้าคณะอำเภอคลองหลวงว่า พระเทพญาณมหามุนี (พระธัมมชโย) เจ้าอาวาสวัดพระธรรมกาย อาพาธด้วยโรคเบาหวาน เส้นเลือดดำใหญ่อุดตันที่ขาซ้ายและภูมิแพ้ ตามหนังสือที่ จอ.คล.127/2555 ลงวันที่ 24 ธันวาคม 2555 และเรื่องรายงานการแต่งตั้งผู้รักษาการแทนเจ้าอาวาสวัดธรรมกายนั้น จังหวัดได้พิจารณาโดยรอบคอบแล้ว เห็นว่าพระเทพญาณมหามุนี อาพาธมาเป็นเวลานาน สมควรได้รับการปลดเปลื้องภาระเพื่อให้ท่านได้พักรักษาตัว

อาศัยอำนาจตามความในข้อ 39 แห่งกฎมหาเถรสมาคม ฉบับที่ 24 (พ.ศ.2541) ว่าด้วยการแต่งตั้งถอดถอนพระสังฆาธิการ ออกตามความใน พ.ร.บ.คณะสงฆ์ พ.ศ.2505 แก้ไขเพิ่มเติมโดย พ.ร.บ.คณะสงฆ์ (ฉบับที่ 2) พ.ศ.2535 จึงยกให้พระเทพญาณมหามุนี ฉายาธัมมชโย เจ้าอาวาสวัดธรรมกาย เป็นเจ้าอาวาสกิตติมศักดิ์ ตั้งแต่บัดนี้เป็นต้นไป จึงเรียนมาเพื่อให้พระเทพญาณมหามุนี รับทราบ และดำเนินการให้เจ้าคณะตำบลแต่งตั้งผู้รักษาการแทนเจ้าอาวาสวัดธรรมกายต่อไป