สืบเนื่องจากการดำเนินงานของกองทุนหลักประกันสุขภาพแห่งชาติ(สปสช.) มีวัตถุประสงค์เพื่อให้ประชาชนเข้าถึงบริการ ได้รับบริการที่มีคุณภาพ ได้มาตรฐาน อีกทั้งสิทธิประโยชน์ภายใต้กองทุนฯ มีความครอบคลุมที่กว้างขวาง ส่งผลให้มีกองทุนย่อยหลายกองทุน มีกลไกการจัดสรรเงินและการจ่ายชดเชยที่หลากหลายมีผู้รับผิดชอบในการบริหารจัดการหลายกลุ่มภารกิจ และบางกองทุนย่อยก็ได้มอบหมายให้ทาง สปสช.เขตพื้นที่ทั้ง 13 เขตเป็นผู้รับผิดชอบ

อย่างไรก็ตาม ปัญหาที่เกิดขึ้นคือการที่แต่ละส่วนมีหลักเกณฑ์ วิธีการและโปรแกรมการเบิกจ่ายที่แตกต่างกันออกไป ทำให้ยากต่อการติดตามการเบิกจ่าย เกิดภาระด้านธุรกรรมเบิกจ่าย มีความซ้ำซ้อนการทำหน้าที่เบิกจ่ายในหน่วยงาน ส่งผลให้การกำกับติดตามมีความซับซ้อน ขณะเดียวกันหน่วยบริการก็มีความยุ่งยากในการเบิกจ่ายค่าบริการ ทำให้ สปสช. แก้ไขปัญหาดังกล่าว โดยให้บูรณาการรวมระบบการบริหารการจ่ายชดเชย และให้กลุ่มภารกิจบริหารกองทุนดำเนินการทำหน้าที่เบิกจ่ายชดเชยให้กับหน่วยบริการ

อาทิ บริการตรวจไทรอยด์เด็กแรกเกิด บริการแพทย์แผนไทย บริการดูแลผู้สูงอายุที่อยู่ในภาวะพึ่งพิง บริการส่งเสริมและป้องกันด้านทันตกรรม บริการตรวจคัดกรองมะเร็งลำไส้ใหญ่ บริการตรวจคัดกรองวัณโรค บริการฟื้นฟูสมรรถภาพทางการแพทย์ บริการจิตเวชชุมชน และค่าเสื่อมระดับเขต/จังหวัดและสังกัดอื่นๆ เป็นต้น ทั้งนี้การปรับระบบการเบิกจ่ายจะดำเนินการแบบค่อยเป็นค่อยไป เพื่อไม่ให้เกิดผลกระทบต่อหน่วยบริการ และต้องมีการแจ้งทำความเข้าใจกับหน่วยบริการให้รับทราบก่อนการดำเนินการ

พญ.กฤติยา ศรีประเสริฐ ผู้อำนวยการอาวุโส ประธานกลุ่มภารกิจบริหารกองทุน สปสช. กล่าวว่าผลที่จะเกิดขึ้นจากการดำเนินการในครั้งนี้ นอกจากเพิ่มประสิทธิภาพในการบริหารจัดการจัดสรรเงินกองทุนแล้ว ยังส่งผลให้การจัดสรรเงินดำเนินไปอย่างถูกต้อง ครบถ้วน ตรงเวลาตามตารางการจัดสรรเงินและโอนเงิน ซึ่งหน่วยบริการรับรู้ประมาณการรายรับและตารางการโอนเงินตั้งแต่ต้นปีงบประมาณเพื่อประกอบการดำเนินกิจการ มีระบบข้อมูลเพื่อการกำกับติดตาม

ประกอบด้วย ข้อมูลผลงานการให้บริการ ทั้งจำนวนผู้ป่วยและจำนวนบริการ ที่จำแนกรายการรับบริการ, จำแนกรายหน่วยบริการ/รพ.สต.ที่ให้บริการ ข้อมูลการจัดสรรเงินค่าบริการและการคาดการณ์งบประมาณ และข้อมูลประสิทธิภาพการบริหารจัดการระบบบริการเทียบกับงบประมาณที่ใช้ การกำกับติดตามคลังยาและเวชภัณฑ์ในระบบ นอกจากนี้ยังส่งผลต่อระบบรายงานที่มีการบูรณาการแหล่งข้อมูลต่างๆ อาทิ ข้อมูลประเมินผลลัพธ์ด้านสุขภาพ ที่มีความครบถ้วนเพิ่มขึ้น