ในการดำเนินคดีสิ่งแวดล้อมนั้นนอกจากจะเป็นลักษณะคดีทางปกครอง คดีอาญาแล้ว สิทธิเรียกร้องที่ผู้ฟ้องคดีมักต้องการเรียกจากผู้ก่อมลภาวะคือค่าเสียหาย ซึ่งจะต้องเรียกร้องในคดีแพ่งหรือคดีปกครอง โดยในส่วนของการดำเนินคดีสิ่งแวดล้อมเป็นคดีแพ่งนั้นมีข้อแตกต่างกับคดีแพ่งทั่วไปดังนี้

1. การรวบรวมพยานหลักฐาน ในคดีแพ่งด้านสิ่งแวดล้อมนั้น อาศัยพยานหลักฐานอันเกิดจากการเก็บข้อมูลทางวิทยาศาสตร์ไม่ว่าจะเป็น เก็บตัวอย่างคุณภาพน้ำ เก็บตัวอย่างคุณภาพดิน ตรวจวัดสิ่งปนเปื้อนในอากาศ รวมถึงตรวจวัดเสียงหรือแรงสั่นสะเทือน เป็นต้นซึ่งจะเห็นว่าข้อมูลดังกล่าวนั้นเป็นข้อเท็จจริงสำคัญที่ใช้พิสูจน์ความเสียหายในคดีสิ่งแวดล้อม ว่าความเสียหายหรือผลกระทบกับสิ่งแวดล้อมดังกล่าวนั้นมีอยู่จริง เพื่อที่ศาลจะได้พิจารณาในคำขอตามคำฟ้องของโจทก์ในประเด็นต่อมาว่าค่าเสียหายไม่ว่าจะเป็นของผู้เสียหายหรือความเสียหายด้านสิ่งแวดล้อมสมควรกำหนดในจำนวนเท่าไหร่ อันจะเห็นได้ว่าการรวบรวมพยานหลักฐานของคู่ความก็ดี การพิจารณาคดีของศาลก็ดี ล้วนจะต้องวินิจฉัยในปัญหาข้อเท็จจริงซึ่ง ใช้หลักวิทยาศาสตร์เป็นหลัก ดังนั้น จึงมีความแตกต่างจากคดีแพ่งทั่วไป

2. ข้อกฎหมายรวมถึงการร่างคำคู่ความในคดีสิ่งแวดล้อมนั้นจะมีรายละเอียดกฎหมายที่ใช้บังคับค่อนข้างมากและที่น่าสังเกตก็คือกฎหมายด้านสิ่งแวดล้อมต่างๆ นั้นไม่ได้ถูกบรรจุในหลักสูตรระดับชั้นปริญญาตรีแม้กระทั่งเนติบัณฑิตแต่อย่างใด ทำให้นักกฎหมายโดยทั่วไป ไม่ว่าจะเป็นนิติกรทนายความ พนักงานอัยการรวมถึงผู้พิพากษาอาจยังไม่คุ้นชินในกฎหมายที่เกี่ยวกับสิ่งแวดล้อม ส่งผลให้การเรียงคำคู่ความไม่ว่าจะเป็นคำฟ้องหรือคำให้การนั้น จะต้องอาศัยกฎหมายเฉพาะ เพื่อที่จะได้ดำเนินคดีเพื่อสงวนหรือรักษาสิ่งแวดล้อมได้อย่างมีประสิทธิภาพ ซึ่งแตกต่างจากคดีแพ่งทั่วไป ที่มีบทบัญญัติ คำอธิบาย ตำรา เผยแพร่อย่างแพร่หลาย

3. ความเป็นผู้เสียหายและความเสียหายในคดีแพ่งด้านสิ่งแวดล้อมนั้น จะมีทั้งผู้เสียหายซึ่งเป็นผู้เสียหายโดยตรงซึ่งได้รับความเสียหายเป็นวงกว้างมากกว่าคดีแพ่งทั่วไป ซึ่งความเสียหายทางแพ่งโดยทั่วไปนั้นมักจะมีพื้นฐานมาจากกรณีสัญญาหรือละเมิด อันเป็นลักษณะส่วนตัวและไม่ได้กระทบ ในวงกว้างและผู้เสียหายอยู่ในวงแคบ แต่ในส่วนของคดีแพ่งด้านสิ่งแวดล้อมนั้น นอกจากความเสียหาย จะกระทบกับผู้เสียหายจำนวนมากและในวงกว้างแล้ว ยังมีความเสียหายซึ่งกระทบกับสิ่งแวดล้อมอันจะเกิดผลกระทบทางอ้อมต่อประชากรที่ไม่ได้อยู่ในละแวกใกล้เคียงกับแหล่งก่อมลพิษหรือแหล่งที่มีผลกระทบด้านสิ่งแวดล้อม

4. การกำหนดค่าเสียหาย ในคดีแพ่งด้านสิ่งแวดล้อมนั้น ในประเทศไทยมีการใช้ความเห็นของผู้เชี่ยวชาญทางด้านเศรษฐศาสตร์หรือจัดทำรายงานความเสียหายเพื่อมาคำนวณค่าเสียหายทางด้านสิ่งแวดล้อม เนื่องจากความเสียหายด้านสิ่งแวดล้อมนั้นมีหลายส่วนที่เป็นความเสียหายกับตัวบุคคลซึ่งเป็นโจทก์ เช่นความเสียหายทางทรัพย์สินหรือสุขภาพ รวมถึงความเสียหายกับสิ่งแวดล้อม เช่นการกำหนดให้ผู้ก่อมลพิษดำเนินการแก้ไขความเสียหายทางสิ่งแวดล้อมให้กลับคงเดิม ทั้งนี้ ตามหลักผู้ก่อมลพิษเป็นผู้จ่าย อันมีความแตกต่างจากคดีแพ่งทั่วไป เนื่องจากในคดีแพ่งทั่วไปนั้นศาลจะกำหนดค่าเสียหาย ให้แก่เฉพาะผู้เสียหายคือโจทก์ซึ่งเป็นผู้ถูกโต้แย้งสิทธิเท่านั้น

ซึ่งเห็นว่ามีความแตกต่างจากคดีแพ่งทั่วไปหลายประการ อีกทั้งจุดมุ่งหมายในการดำเนินคดีแพ่งทางสิ่งแวดล้อมนั้นเสมือนการดำเนินคดีเพื่อประโยชน์สาธารณะ อันแตกต่างจากคดีแพ่งทั่วไปซึ่งมีวัตถุประสงค์มุ่งหมายต่อการรักษาสิทธิส่วนตัวของโจทก์

อย่างไรก็ตามในส่วนของการละเมิดด้านสิ่งแวดล้อมอาจมีความใกล้เคียงกับละเมิดตามประมวลกฎหมายแพ่งและพาณิชย์เพียงแต่มีประเด็นในส่วนของอายุความ ภาระการพิสูจน์รวมถึงอำนาจฟ้องที่อาจจะแตกต่างบ้างในรายละเอียด