การดำเนินคดีอาญาต่อเจ้าหน้าที่รัฐ ปัจจุบันอยู่ในเขตอำนาจของศาลอาญาคดีทุจริตและประพฤติมิชอบ ซึ่งการดำเนินคดีสามารถดำเนินการโดยการแจ้งความร้องทุกข์ทำการไต่สวนโดย ป.ป.ช. และฟ้องคดีโดยพนักงานอัยการ รวมถึงกรณีผู้เสียหายยื่นฟ้องคดีด้วยตนเอง

โดยในการยื่นฟ้องคดีต่อศาลด้วยตนเองนั้น ในส่วนของคำฟ้องมีความจำเป็น จะต้องบรรยายรายละเอียดข้อเท็จจริงโดยละเอียด โดยฉพาะประเด็นดังต่อไปนี้

1.ลำดับและความเชื่อมโยงของจำเลยแต่ละคน (กรณีจำเลยหลายคน)

2.จำเลยแต่ละคนมีหน้าที่ตามกฎหมาย กฎ ระเบียบหรือคำสั่ง อย่างไรรวมถึงจำเลยแต่ละคนเกี่ยวข้องในขั้นตอนใดอย่างไร จำเลยแต่ละคนกระทำโดยไม่ชอบด้วยหลักเกณฑ์ หรือขั้นตอนของกฎหมาย กฎ ระเบียบ หรือคำสั่งนั้นอย่างไร

3.จำเลยแต่ละคนมีส่วนร่วมในการกระทำความผิด แต่ละกรรมตามฟ้องโจทก์อย่างไร

โดยประเด็นดังกล่าวมักเป็นข้อที่ศาลจะมีคำสั่งให้โจทก์แก้ไขคำฟ้องให้ชัดเจน หากโจทก์ไม่ดำเนินการแก้ไขตามที่ศาลมีคำสั่ง ศาลอาจมีคำสั่งไม่รับคำฟ้องไว้ ไต่สวนมูลฟ้อง

ดังนั้น การดำเนินคดีในศาลอาญาคดีทุจริตฯนั้นมีความจำเป็นที่คำฟ้องจะต้องมีรายละเอียดครบถ้วน หากจะฟ้องคดีเพื่อเจรจาก่อนไต่สวนมูลฟ้องแบบคดีอาญาทั่วไป มีโอกาสที่ศาลจะไม่รับคำฟ้องสูง รวมถึงมีโอกาสจะกระทบสำนวนการสอบสวนของ ป.ป.ช. อีกทั้งมีผลถึงกรณีถูกดำเนินคดีข้อหาฟ้องเท็จได้ ดังนั้น ประชาชนที่ได้รับผลกระทบจากเจ้าหน้าที่รัฐ ควรพิจารณา
หลักฐานให้ชัดเจนหนักแน่น หรือเลือกการดำเนินการผ่าน ป.ป.ช. เพื่อประสิทธิภาพของคดี