หลังจากพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 4 ในระหว่างดำรงอยู่ในสมณวิสัย ได้ทรงรู้จักกับพระเถระสายรามัญวงศ์ ซึ่งเป็นสายตรงจากพระมหาเถรคันฉ่องแล้วก็ทรงศึกษาร่ำเรียนพระพุทธศาสนาโดยสายรามัญวงศ์นี้อย่างถ่องแท้ และทรงมีพระราชศรัทธายิ่ง

ดังนั้นจึงทรงตั้งธรรมยุติกนิกายขึ้นในพระพุทธศาสนา นิกายหินยาน หรือเถรวาท โดยประดิษฐานที่วัดบวรนิเวศวิหารเป็นแห่งแรก

เพื่อให้การประกาศพระพุทธศาสนาธรรมยุติกนิกายแก่อาณาประชาราษฎรจึงทรงให้ติดตามสมเด็จพระพุฒาจารย์(โต พรหมรังสี) มาครองวัดระฆังและโปรดให้ติดตามตัวนายสา ซึ่งอดีตคือสามเณรสานาคหลวง ที่จบการศึกษาเปรียญธรรมเก้าประโยค และต่อมาได้อุปสมบทเป็นพระสงฆ์ในสำนักวัดราชประดิษฐฯ ซึ่งลาสิกขาบทในสมัยพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 3 ให้กลับมารับอุปสมบทใหม่เพราะทรงทราบดีว่านายสาผู้นี้คือช้างเผือกสำคัญในพระพุทธศาสนาที่เข้ามาสู่พระบรมโพธิสมภาร

นายสาจึงได้รับอุปสมบทใหม่อีกครั้งหนึ่ง และทรงโปรดให้ทำการสอบเปรียญธรรมใหม่ เนื่องจากกฎระเบียบธรรมในการสอบธรรมสนามหลวงในยุคนั้นไม่ว่าจะสำเร็จ
เปรียญธรรมขั้นใดหากลาสิกขาบทไปแล้วกลับมาอุปสมบทใหม่ เปรียญธรรมเดิมก็ให้เป็นอันสิ้นสุดลง

ดังนั้นพระสาจึงต้องสอบเปรียญธรรมใหม่และด้วยความเป็นเอกในทางพระพุทธศาสนา พระสาก็สามารถสอบเปรียญธรรมได้ครบเก้าประโยคในรวดเดียว จึงกลายเป็นพระสงฆ์รูปแรกในพระราชอาณาจักรนี้และอาจถือเป็นพระสงฆ์รูปแรกและรูปเดียวของโลกก็ว่าได้ที่ได้สอบเปรียญธรรมเก้าประโยคถึงสองครั้งจนบางทีก็มีคำกล่าวขานว่าพระมหาสานี้เป็นพระวิเศษ คือสำเร็จเปรียญธรรมสิบแปดประโยค

ต่อมาพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 4 ก็ทรงสถาปนาพระมหาสารูปนี้ขึ้นเป็นที่สมเด็จพระสังฆราช สถิต ณ วัดราชประดิษฐสถิตมหาสีมารามราชวรวิหาร พระอารามหลวงประจำรัชกาลของพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 4

ดังนั้นในประเทศไทยจึงมีพระพุทธศาสนานิกายหินยานที่มีนิกายย่อยสองนิกายคือมหานิกายและธรรมยุติกนิกาย แต่ในการปฏิบัตินั้นก็มีการปฏิบัติเป็นสองสาย คือสายป่าหรือสายอรัญวาสี ที่มุ่งเน้นในการเจริญสมถะกรรมฐานอันเป็นองค์สำคัญแห่งมรรค คือ สัมมาสติและสัมมาสมาธิ และสายคามวาสีหรือพระบ้าน พระเมือง ซึ่งเน้นในการศึกษาอบรมในเชิงปริยัติตามแนวทางที่สืบทอดมาจากสายลังกาวงศ์

เนื่องจากพระพุทธศาสนาสายลังกาวงศ์นั้นได้รับมาจากอินเดียตั้งแต่ครั้งพระเจ้าอโศกมหาราช แต่ต่อมาก็ได้รับอิทธิพลจากศาสนาพราหมณ์จากอินเดียตอนใต้ มีการปลอมแปลงข้อความเนื้อหาในพระไตรปิฎกและอรรถกถา ตลอดจนฎีกามากมาย แฝงแทรกไว้ด้วยคติพราหมณ์จึงมากไปด้วยอิทธิปาฏิหาริย์และเทวนิยม ซึ่งไม่ใช่วิถีทางที่พระผู้มีพระภาคเจ้าทรงสอน

สำหรับพระพุทธศาสนาสายรามัญวงศ์นั้นแตกต่างจากสายลังกาวงศ์ตรงไม่ยอมรับ ไม่สรรเสริญอิทธิปาฏิหาริย์หรือเทวนิยมทั้งหลาย แต่ก็มิได้ปฏิเสธโต้แย้ง คงมุ่งเน้นการปฏิบัติเพื่อบรรลุมรรคผลนิพพานตามที่พระผู้มีพระภาคเจ้าทรงตรัสสอน

จึงเป็นอันว่าพระพุทธศาสนานิกายเถรวาทหรือหินยานในประเทศไทยนั้นมีสองนิกายย่อย คือรามัญวงศ์และลังกาวงศ์

สำหรับนิกายมหายานนั้นก็เป็นหนึ่งในนิกายสำคัญในพระพุทธศาสนาที่ส่งออกไปจากอินเดียตั้งแต่ยุคสมัยพระเจ้าอโศกมหาราช และไปแพร่หลายอยู่ในประเทศจีน เกาหลี เวียดนาม และญี่ปุ่น

แต่เนื่องจากความเชื่อและความนิยมของชาวจีน ญี่ปุ่น เวียดนาม และเกาหลีในยุคนั้นต่างก็มีความเชื่อในลักษณะเดียวกันคือลัทธิเต๋าและลัทธิขงจื๊อ ดังนั้นเมื่อพระพุทธศาสนาเผยแผ่เข้าไปยังประเทศเหล่านี้จึงมีการผสมผสานเข้ากับลัทธิความเชื่อดั้งเดิมคือลัทธิเต๋าและลัทธิขงจื๊อ ซึ่งต่อมาก็ได้แตกออกเป็นนิกายย่อยอีกหลายนิกาย เช่น นิกายเซน ส่วนนิกายย่อยอีกจำนวนมากนั้นหลายนิกายย่อยก็ผิดแผกผิดเพี้ยนไปจากหลักธรรมคำสอนในพระพุทธศาสนา

เช่น พระภิกษุสามารถมีภรรยาได้ ฉันข้าวเย็นได้ ทำมาค้าขายได้ ซึ่งถ้าว่ากันโดยเคร่งครัดแล้วผู้ปฏิบัติเช่นนั้นไม่มีฐานะเป็นภิกษุในพระพุทธศาสนา เพราะถือได้ว่าล่วงพระวินัยในข้อสำคัญคือการเสพเมถุน และอาจจะล่วงพระวินัยในข้อสำคัญอีกหลายประการ

แต่ด้วยความนิยมและความเชื่อมต่อ การผสมผสานกับลัทธิความเชื่อดั้งเดิม นิกายย่อยต่างๆ เหล่านี้จึงมีการแปรเปลี่ยนไป แต่ก็ยังประกาศตนว่าเป็นหนึ่งในนิกายย่อย และยังคงร่วมเสวนาอยู่กับองค์กรพระพุทธศาสนาในระดับโลก ดังเช่นสามารถมีผู้แทนเข้าร่วมประชุมในองค์การพุทธศาสนิกสัมพันธ์แห่งโลก เป็นต้น

พระพุทธศาสนานิกายมหายานนั้นได้เข้ามาประดิษฐานในประเทศไทยมาตั้งแต่ยุคอยุธยา รัตนโกสินทร์ แต่ไม่เป็นทางการ และเพิ่งมาก่อตัวก่อตั้งเป็นทางการขึ้นในยุครัตนโกสินทร์

การเข้ามาของพระพุทธศาสนานิกายมหายานในประเทศไทยก็มีสองสายทาง คือจากประเทศจีนซึ่งต่อมาได้รับการยอมรับว่าเป็น “จีนนิกาย” และที่เข้ามาจากเวียดนาม ซึ่งได้รับการยอมรับเช่นเดียวกันว่าเป็น “ญวนนิกาย” และสังกัดอยู่ภายใต้มหาเถรสมาคม

ซึ่งพระมหากษัตริย์ก็ทรงทำนุบำรุงในฐานะเป็นเอกอัครศาสนูปถัมภกเสมอกัน ดังนั้นพระสงฆ์นิกายมหายานทั้งสายจีนนิกายและญวนนิกาย จึงได้รับพระราชทานสมณศักดิ์และการทำนุบำรุงจากพระมหากษัตริย์เสมอกัน