เหตุการณ์เรื่องที่สองที่ว่าวังหน้าจะกบฏนั้นเกิดขึ้นหลังจากเจ้าประคุณไปแล้ว นั่นคือในปีพุทธศักราช 2415 เจ้าประคุณสมเด็จพระพุฒาจารย์ (โต พรหมรังสี) ได้ละสังขารไปตามกาล

ครั้นปีพุทธศักราช 2416 พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 5 ทรงบรรลุนิติภาวะ และทรงเข้าพิธีบรมราชาภิเษกเป็นพระมหากษัตริย์ที่มีพระราชอำนาจเต็ม ผู้สำเร็จราชการแผ่นดินก็พ้นหน้าที่ไป

แต่เนื่องจากในช่วงปลายเวลาการดำรงตำแหน่งผู้สำเร็จราชการแผ่นดินนั้นมีข้อครหาเกี่ยวกับการจัดเก็บภาษีอากรของมณฑลปักษ์ใต้และกรมท่าบางกรมว่ามิได้นำเข้าคลังหลวง ถึงกับพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวทรงเคยรับสั่งถามสมเด็จเจ้าพระยาบรมมหาศรีสุริยวงศ์ (ช่วง บุนนาค) ในเรื่องนี้ ก็มีคำตอบว่าเพราะมีการนำเงินไปใช้จ่ายในการสร้างวังที่เพชรบุรีหรือที่เรียกว่าเขาวังในปัจจุบันนี้

ดังนั้นเรื่องปัญหาค่าเงินภาษีจึงเป็นเรื่องคาใจกันอยู่เรื่องหนึ่ง ดังนั้นเมื่อถึงกาลที่สมเด็จเจ้าพระยาบรมมหาศรีสุริยวงศ์ (ช่วง บุนนาค) พ้นจากตำแหน่งและอำนาจก็กริ่งเกรงว่าจะมีราชภัยมาถึงตัว จึงเตรียมการที่จะย้ายภูมิลำเนาไปอยู่ที่ราชบุรี ซึ่งจะมีทางหนีทีไล่ถ่ายเทได้ง่าย

ลุถึงปีพุทธศักราช 2417 ก็มีความขัดแย้งเกิดขึ้นระหว่างวังหลวงกับวังหน้า ถึงกับเตรียมกำลังทหารขึ้นเชิงเทินป้องกันวังหลวงและวังหน้ากัน แต่ปรากฏว่ามีลูกศิษย์สมเด็จโตจำนวนมากเคลื่อนไหวทั้งส่วนที่เป็นทหารและที่เป็นพลเรือน จนเห็นได้ชัดว่ากำลังของวังหลวงมีมากกว่ากำลังของวังหน้ามากมาย จึงทำให้สมเด็จกรมพระราชวังบวรวิไชยชาญเสด็จหนีออกจากวังหน้าไปพึ่งพาฝรั่งตาน้ำข้าวชาวอังกฤษในสถานทูตอังกฤษ

และเป็นช่วงเวลาที่อังกฤษกำลังขยายบทบาทในการล่าอาณานิคมในภูมิภาคนี้ ก็สมหวังของอังกฤษที่จะได้ใช้วังหน้าเป็นเครื่องมือและพลังอำนาจในการต่อรองกับวังหลวงหรือข่มเหงพระเจ้าอยู่หัวต่อไป เหตุการณ์ครั้งนั้นเรียกว่ากรณีกบฏวังหน้า

สมเด็จเจ้าพระยาบรมมหาศรีสุริยวงศ์ (ช่วง บุนนาค) แม้พ้นตำแหน่งผู้สำเร็จราชการแผ่นดินและสมุหกลาโหมไปแล้ว ครั้นทราบความเรื่องนี้ก็รำลึกได้ว่าเจ้าประคุณสมเด็จเคยสั่งเอาไว้ก่อนละสังขารในเหตุการณ์สถาปนาวังหน้าว่า ในวันหนึ่งข้างหน้าคนที่เจ้าคุณสนับสนุนจะกบฏต่อพระเจ้าอยู่หัว ก็ให้เป็นหน้าที่ของเจ้าคุณซึ่งเป็นผู้ก่อเหตุที่จะเอาตัวมาถวายพระเจ้าอยู่หัว

สมเด็จเจ้าพระยาบรมมหาศรีสุริยวงศ์ (ช่วง บุนนาค) นึกขึ้นมาได้ก็ตกใจและอัศจรรย์ใจที่คำกล่าวของพระอาจารย์ สมเด็จพระพุฒาจารย์ (โต พรหมรังสี)
ที่เคยสั่งไว้ในเหตุการณ์ครั้งนั้นได้เกิดขึ้นจริง และแม้ว่าเจ้าประคุณสมเด็จได้ละสังขารไปแล้ว แต่สมเด็จเจ้าพระยาบรมมหาศรีสุริยวงศ์ (ช่วง บุนนาค) ก็ถือเป็นภาระหน้าที่ตามที่ได้ให้คำสัตย์ไว้กับพระอาจารย์ตนจึงได้เดินทางไปยังสถานทูตอังกฤษ และเชิญตัวสมเด็จกรมพระราชวังบวรวิไชยชาญออกมาหารือกัน โดยแจ้งให้วังหน้าเข้ามอบตัวต่อพระเจ้าอยู่หัว

สมเด็จกรมพระราชวังบวรวิไชยชาญก็ปฏิเสธเพราะข้อหากบฏนั้นมีโทษสถานเดียวคือประหารชีวิต ดีร้ายอาศัยสถานทูตอังกฤษก็คงจะปลอดภัย สมเด็จเจ้าพระยาบรมมหาศรีสุริยวงศ์ (ช่วง บุนนาค) ก็รับปากว่าให้มอบตัวต่อพระเจ้าอยู่หัว โดยสมเด็จเจ้าพระยาบรมมหาศรีสุริยวงศ์ (ช่วง บุนนาค) จะขอเอาชีวิตตัวเองเป็นประกัน และจะถวายฎีกาขอพระราชทานอภัยโทษก่อน จึงเป็นที่ตกลงกัน

สมเด็จเจ้าพระยาบรมมหาศรีสุริยวงศ์ (ช่วง บุนนาค) จึงแต่งฎีกาเข้าไปถวายพระเจ้าอยู่หัวขอพระราชทานอภัยโทษให้แก่วังหน้าและจะนำตัวมามอบตัวต่อพระเจ้าอยู่หัว หลังจากนั้นพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวก็ได้พระราชทานอภัยโทษ สมเด็จกรมพระราชวังบวรวิไชยชาญได้เข้ามอบตัวและกลับเข้าไปพำนักในวังหน้าดังเดิม ต่อมาก็ได้ถึงแก่พิราลัย

พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 5 จึงทรงสถาปนาสมเด็จเจ้าฟ้ามหาวชิรุณหิศ พระราชโอรสขึ้นเป็นที่สยามมกุฎราชกุมาร เป็นอันยุบเลิกตำแหน่งวังหน้าและกำหนดระบบสืบสันตติวงศ์ให้เป็นระบบสยามมุฎราชกุมารตั้งแต่บัดนั้น นับเป็นสยามมกุฏราชกุมารพระองค์แรกแห่งกรุงรัตนโกสินทร์

เจ้าประคุณสมเด็จพระพุฒาจารย์ (โต พรหมรังสี) พระผู้ทรงพรหมจรรย์อันบริสุทธิ์ ได้บรรลุถึงพรหมวิหารธรรมขั้นสูง ทรงอิทธิปาฏิหาริย์ เป็นเอกอัครมหาเถราจารย์ที่มีอิทธิฤทธิ์อิทธิปาฏิหาริย์ขั้นสูงในพระพุทธศาสนา อันเป็นข้อความที่พิมพ์ลงในกรอบภาพถ่ายของเจ้าประคุณสมเด็จเมื่อครั้งมีลงพิมพ์ครั้งแรกในกรุงรัตนโกสินทร์ เป็นข้อความที่ไม่เกินความจริงจากคุณธรรมที่เจ้าประคุณสมเด็จได้บรรลุเลย

จึงอาจกล่าวได้ว่าการที่พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวรัชกาลที่ 4 ทรงกำหนดธุระให้ขรัวโตไปเป็นเจ้าอาวาสวัดระฆังฯนั้นก็เพราะทรงเล็งเห็นด้วยอนาคตังสญาณว่าจะเกิดเหตุการณ์วิกฤตขึ้น และเจ้าขรัวโตนั่นแล้วที่จะแก้ไขวิกฤตทำนุบำรุงพระบรมราชวงศ์ได้ และก็ปรากฏผลสำเร็จตามที่ทรงตั้งพระราชหฤทัยทุกประการ

เจ้าประคุณสมเด็จพระพุฒาจารย์ (โต พรหมรังสี) แม้ล่วงลับดับขันธ์ไปแล้ว บรรดาคำสั่งที่มอบไว้แก่สมเด็จเจ้าพระยาบรมมหาศรีสุริยวงศ์ (ช่วง บุนนาค) ให้นำตัวกรมพระราชวังบวรวิไชยชาญ วังหน้ามาถวายพระเจ้าอยู่หัวก็ปรากฏผลสำเร็จและเป็นจริงทุกประการ

ไม่เช่นนั้นแล้วกรมพระราชวังบวรวิไชยชาญก็จะกลายเป็นเครื่องมือให้กับอังกฤษ นักล่าอาณานิคมที่จะใช้เครือข่ายของวังหน้าเป็นเครื่องมือในการบ่อนทำลายความมั่นคงของชาติและพระมหากษัตริย์ ซึ่งถ้าเหตุการณ์เกิดขึ้นเช่นนั้นก็อาจเกิดสงครามกลางเมืองหรือเกิดความเสียหายใหญ่หลวง ไม่ต่างกับเหตุการณ์ประเทศนักล่าอาณานิคม 8 ประเทศ เข้ารุมทึ้งประเทศจีนออกเป็นเสี่ยงๆ ในปลายราชวงศ์ชิง

แต่ทว่าด้วยบุญญาบารมีแห่งพระบรมราชจักรีวงศ์ด้วยบารมีธรรมแห่งพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว และพระเมตตาธรรมของพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวรัชกาลที่ 5 ประกอบด้วยอิทธิปาฏิหาริย์อันล่วงพ้นที่คนธรรมดาจะหยั่งคาดในเจ้าประคุณสมเด็จพระพุฒาจารย์ (โต พรหมรังสี) จึงสามารถกอบกู้เหตุการณ์ร้ายให้กลายเป็นดีได้อย่างอัศจรรย์