ปมปัญหาจังหวัดชายแดนภาคใต้เกิดขึ้นเป็นระยะเวลาหลายร้อยปีมาแล้วนับตั้งแต่ไทยได้เข้าไปครองดินแดนดั้งเดิมของชาวมลายูที่เรียกว่าลังกาสุกะที่เกิดขึ้นเป็นนครรัฐในพุทธศตวรรษที่ 7 และเป็นนครรัฐอยู่ 1,400 ปี จนถึงพุทธศตวรรษที่ 21 ลังกาสุกะจึงล่มสลายกลายเป็นปัตตานีโดยไทยได้แผ่อำนาจปกครองลังกาสุกะครั้งแรกในปี 1821 ในสมัยกรุงสุโขทัย

ถึง ปี 1887 กรุงศรีอยุธยาได้ครอบครองนครศรีธรรมราชได้ส่งพระฤทธิเทวามาปกครองแคว้นปัตตานี ปี 2057 อาณาจักรมะละกาแผ่อำนาจมาครองปัตตานีแทนที่ของไทยทำให้ปัตตานีเป็นแคว้นอิสลามในสมัยพระยาอินทิรา สมัยสมเด็จพระมหาจักรพรรดิถูกพม่ารุกรานทางพระยาตานีศรีสุลต่านได้นำกองทัพเรือจากปัตตานีขึ้นไปช่วยป้องกันกรุงศรีอยุธยาและได้เกิดบาดหมางกระทบกระทั่งกับราชอาณาจักรไทย

ในปี 2146 พระยาเดโชนำกองทัพจากนครศรีธรรมราชลงไปโจมตีปัตตานีแต่ไม่สำเร็จเพราะมีชาวโปรตุเกสและเนเธอร์แลนด์ใช้อาวุธปืนใหญ่
ช่วยปัตตานี ปี 2231 ปัตตานีประกาศเอกราชไม่ขึ้นกับกรุงศรีอยุธยา จนถึงปี 2328 ในสมัยพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกแห่งกรุงรัตนโกสินทร์ปี 2329 พระยากลาโหมนำกองทัพยึดปัตตานี ปี 2351 เจ้าพระยาพลเทพเคลื่อนทัพจากสงขลามายึดแคว้นปัตตานีไว้ได้อีกครั้ง

จนถึงปี 2359 ในสมัยรัชกาลที่ 2 สมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัยได้ทรงแบ่งแคว้นปัตตานีออกเป็น 7 เมือง คือ ปัตตานี ยะหริ่ง สายบุรี หนองจิก ระแงะ รามัน และยะลา สมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวในปี 2449 ทรงตั้งปัตตานีเป็นมณฑลปัตตานี ซึ่งถูกแบ่งออกเป็น 4 จังหวัด คือจังหวัดปัตตานี สายบุรี ยะลาและนราธิวาส ปี 2475 รัฐบาลไทยได้สั่งยุบจังหวัดสายบุรีไปรวมกับปัตตานีเหลือแค่ 3 จังหวัด

หลังมหาสงครามโลกครั้งที่ 2 สมัยรัฐบาลจอมพลแปลก พิบูลสงคราม เกิดขบวนการเรียกร้องเอกราชในพื้นที่ 4 จังหวัดชายแดนภาคใต้ คือ ปัตตานี ยะลา นราธิวาส และบางส่วนของสงขลา ในปี 2490 เป็นต้นมามีเหตุการณ์ปะทะระหว่างตำรวจและทหารของไทยกับขบวนการแบ่งแยกดินแดนเป็นสาธารณรัฐปัตตานีเป็นระยะจนถึงปี 2562 เป็นระยะเวลานานกว่า 70 ปี

เหตุการณ์ได้เปลี่ยนจากการปะทะไม่รุนแรงกลายเป็นสงครามนอกแบบระหว่างทหารไทยกับขบวนการแบ่งแยกดินแดนหลายกลุ่มยังผลให้ 70 ปีที่ผ่านมามีจำนวนทหารตำรวจข้าราชการไทยทั้งพุทธและมุสลิมรวมไปถึงประชาชนทั่วไปและขบวนการโจรก่อการร้ายได้รับบาดเจ็บล้มตายเป็นจำนวนหลายหมื่นคน

ล่าสุดขบวนการแบ่งแยกดินแดนที่เรียกชื่อตนเองว่า มารา ปาตานี ได้เรียกร้องให้องค์การระหว่างประเทศเข้ามาช่วยแก้ไขปัญหาเหตุการณ์ในพื้นที่ 4 จังหวัดชายแดนภาคใต้โดยพยายามเรียกร้องให้รัฐบาลยอมให้เกิดรัฐปัตตานีเป็นรัฐเอกราชซึ่งเป็นเหตุการณ์ที่รัฐบาลใต้การนำของพลเอกประยุทธ์ จันทร์โอชาต้องแก้ไขปัญหาที่เกิดขึ้นนี้ต่อไป