พระสมเด็จงานหลวงที่สร้างโดยวังหลวงนั้นเนื่องจากสมเด็จพระเจ้าบรมวงศ์เธอ เจ้าฟ้ามหามาลา กรมพระยาบำราบปรปักษ์ เป็นผู้ทรงปัญญาวิชาคุณ ทรงรอบรู้ในไสยเวทย์ และเรื่องมวลสารต่างๆ ทั้งทรงบัญชากรมช่างสิบหมู่ในฐานะเสนาบดีกระทรวงวัง ดังนั้นจึงมีการสร้างพระสมเด็จสายวังหลวงขึ้นมากมายหลายรุ่น แต่ละรุ่นมีจำนวนไม่มากนัก ยกเว้นแต่พระสมเด็จสายรุ้ง ซึ่งมีจำนวนมากที่สุด

พระสมเด็จสายวังหลวงนั้นความจริงเคยมีการสร้างมาก่อนที่พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว จะเสด็จขึ้นครองราชย์โดยในห้วงเวลานั้นเจ้าประคุณสมเด็จพระพุฒาจารย์ (โต พรหมรังสี)ได้หลีกลี้ออกธุดงค์ ซึ่งถึงแม้พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวรัชกาลที่ 3 จะโปรดเกล้าฯ ให้ติดตามสักเท่าใดก็ไม่พานพบ

แต่ในช่วงนั้นเจ้าประคุณสมเด็จก็ยังคงติดต่ออยู่กับสมเด็จพระเจ้าบรมวงศ์เธอ เจ้าฟ้ามหามาลา กรมพระยาบำราบปรปักษ์ และได้มีการทำพระสมเด็จขึ้นรุ่นหนึ่ง เป็นพระสมเด็จปรอททองคำ ปรอทเงิน และปรอททองแดง เท่าที่ทราบได้ทำขึ้นอย่างละองค์เท่านั้น โดยจัดทำกันที่ถ้ำแห่งหนึ่งในจังหวัดเพชรบูรณ์

พระสมเด็จรุ่นนี้เป็นเนื้อโลหะผสมระหว่างทองคำ หรือเงิน หรือทองแดงกับปรอท แต่การหลอมทอง เงิน และทองแดงไม่ได้หลอมโดยไฟ หากใช้เตโชกสิณ และผสมปรอทด้วย เมื่อเจริญเตโชกสิณหลอมเข้าด้วยกันแล้วจะได้มวลสารนุ่มดุจดินน้ำมันจึงพิมพ์ลงในแบบพิมพ์ จากนั้นก็ต้องเจริญอาปฐวีกสิณเพื่อให้คืนคงเป็นมวลของโลหะดังเดิม

การหลอมทองคำและเงินกับปรอทนั้นหลอมได้ง่ายกว่า เพราะเป็นโลหะที่ไม่แข็งมากนัก ต่างกับทองแดงซึ่งแข็งมาก และต้องใช้พลังอำนาจแห่งจิตขั้นสูงมาก ดังนั้นแม้พระที่ทำด้วยปรอททองแดงจะดูด้อยราคากว่า แต่ในการจัดทำนั้นต้องอาศัยภูมิธรรมขั้นสูงและพลังอำนาจแห่งจิตขั้นสูง ซึ่งว่ากันว่าในยุคนั้น
เจ้าประคุณสมเด็จพระพุฒาจารย์โต พรหมรังสี เป็นหนึ่งในพระมหาเถราจารย์ที่มีพลังอำนาจถึงขั้นนี้

พระสมเด็จปรอททองคำและเงินไม่ปรากฏว่า สมเด็จพระเจ้าบรมวงศ์เธอ เจ้าฟ้ามหามาลา กรมพระยาบำราบปรปักษ์ นำไปทูลเกล้าฯถวายหรือมอบพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวหรือพระบรมราชวงศ์ท่านใด สำหรับพระสมเด็จปรอททองแดงทรงเก็บไว้บูชาเอง และตกทอดสู่ทายาทโดยลำดับมาจนปัจจุบัน

หลังจากพระบาทสมเด็จพระปิ่นเกล้าเจ้าอยู่หัวสวรรคต บรรดาขุนนางวังหน้าได้นำก้อนอัญมณีโมราทั้งแดงและเขียวและอัญมณีอื่นๆ ที่บรรดาหัวเมืองต่างๆ รวมทั้งมิตรประเทศส่งเข้ามาเพื่อร่วมในการบูรณะพระธาตุพนมวังหน้าไปส่งมอบให้แก่กรมช่างสิบหมู่ เพราะทางวังหน้าไม่สามารถทำประการใดกับก้อนอัญมณีดังกล่าวได้

ครั้นพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 5ครองราชย์แล้ว สมเด็จพระเจ้าบรมวงศ์เธอ เจ้าฟ้ามหามาลา กรมพระยาบำราบปรปักษ์ ได้ขอพระบรมราชานุญาตนำอัญมณีดังกล่าวมาจัดทำเป็นพระสมเด็จ นั่นคือพระสมเด็จรุ่นโมราแดงและโมราเขียว

โดยกรมช่างสิบหมู่เป็นผู้ออกแบบพุทธลักษณะซึ่งเป็นรูปทรงพระประธานวัดระฆัง ในการจัดทำได้นำก้อนอัญมณีมาตัดเป็นแผ่นให้มีขนาดใหญ่กว่าองค์พระ หลังจากนั้นก็เกลาจนมีขนาดเท่ากับองค์พระ และใช้วิธีแกะโดยใช้เข็มโลหะแหลมตามแบบที่กรมช่างสิบหมู่ได้ออกไว้

ไม่แน่ชัดว่าพระสมเด็จรุ่นโมรานี้จะทำขึ้นทั้งหมดมีจำนวนกี่องค์ แต่ได้ยินมาเพียงแค่ว่าได้ทำขึ้นทั้งหมด 227 องค์เท่ากับจำนวนพระวินัยของพระสงฆ์ แต่จะเป็นโมราเขียวและโมราแดงอย่างละกี่องค์นั้นไม่ปรากฏชัด

พระรุ่นนี้เจ้าประคุณสมเด็จพระพุฒาจารย์ (โต พรหมรังสี)ทำพิธีปลุกเสกเองตามแบบแผนการปลุกเสกพระสมเด็จวัดระฆัง จากนั้นก็มีการพระราชทานแก่ขุนนางและพ่อค้าวาณิช โดยพระสมเด็จโมราแดงจะพระราชทานหรือมอบแก่ฝ่ายทหารหรือฝ่ายบุ๋นส่วนพระสมเด็จโมราเขียวจะพระราชทานหรือมอบแก่ฝ่ายพลเรือนหรือพ่อค้าวาณิช และจำนวนหนึ่งเสนาบดีกระทรวงวังก็เก็บไว้

พระสมเด็จรุ่นนี้ได้มีการใช้แผ่นทองคำขนาดสี่เหลี่ยมจัตุรัส ทำจากทองบางสะพาน ประมาณ 2.5 มิลลิเมตร มีข้อความจารึกว่าพระธาตุ ขรัวโต และ 2401 ซึ่งมีความหมายว่าเป็นการสร้างขึ้นเนื่องในโอกาสบูรณะพระธาตุพนมวังหน้า และเพื่อเป็นอนุสรณ์แก่เจ้าประคุณสมเด็จและเนื่องในโอกาสพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวรัชกาลที่ 5 ครองสิริราชสมบัติครบ 1 ปี

เนื่องจากโมรานั้นเป็นอัญมณีพิเศษ สีเขียวนั้นบางทีเรียกกันว่าหยกเขียว และสีแดงเรียกกันว่าหยกแดง แต่ยังมีอีกชนิดหนึ่งคือโมราสีขาว ซึ่งเป็นของกายสิทธิ์ของวิเศษที่หาได้ยากมาก จึงไม่ปรากฏว่ามีพระสมเด็จที่ทำด้วยโมราขาว

ในระหว่างการจัดทำพระสมเด็จรุ่นแก้วโมรานี้ ก็มีความคิดที่จะทำพระสมเด็จจากอัญมณีนพรัตน์ คือทำจากอัญมณีแต่ละชนิด 9 ประเภท ดังนั้นจึงมีการจัดหาอัญมณีดังกล่าว แต่ปรากฏว่าคงขาดแต่เพชรและนิล ซึ่งหาขนาดที่พอเหมาะกับองค์พระสมเด็จไม่ได้ ดังนั้นจึงมีการจัดทำพระสมเด็จรุ่นนพรัตน์นี้จริงๆ เพียง 7 องค์เท่านั้น วิธีจัดทำก็ทำแบบเดียวกันกับพระสมเด็จรุ่นเนื้อโมรา

พระสมเด็จอัญมณีนพรัตน์ที่ทำขึ้นเพียง 7 องค์นั้นได้นำขึ้นทูลเกล้าฯ ถวายทั้งหมด แต่พระราชทานองค์ที่ทำจากบุษราคัมและหยกเขียวแก่สมเด็จพระเจ้าบรมวงศ์เธอ เจ้าฟ้ามหามาลา กรมพระยาบำราบปรปักษ์ นอกจากนั้นไม่ปรากฏว่าพระราชทานแก่ท่านผู้ใด

สำหรับพระสมเด็จรุ่นนี้ที่ทำจากหยกนั้น เนื้อหยกเป็นส่วนหนึ่งของฐานพระแก้วมรกตที่บิ่นออกมาในต้นราชวงศ์เมื่อครั้งที่มีการอัญเชิญพระแก้วมรกตเวียนรอบพระนครเพื่อทำพิธีอาเพศพินาศปราบโรคห่า และทายาทของสมเด็จพระเจ้าบรมวงศ์เธอ เจ้าฟ้ามหามาลา กรมพระยาบำราบปรปักษ์ ได้มอบให้แก่นักวิชาการคนสำคัญคนหนึ่ง