พระสมเด็จงานหลวงรุ่นเมฆพัตรนั้นออกแบบโดยกรมช่างสิบหมู่ และใช้พุทธลักษณะแบบพิมพ์พระหลายแบบ คือแบบสุโขทัย แบบอู่ทอง แบบพระแก้ว แบบพระประธานวัดระฆัง และแบบพระสังกัจจายน์ แต่ก็ยังจำแนกได้อีกสองแบบ

คือแบบที่ใช้ปรอทซึ่งเป็นธาตุกายสิทธิ์ มีลักษณะเป็นของเหลวเคลื่อนไหวได้ มีสีสันแวววาววามผสมกับโลหะหลัก 3 ชนิด คือทอง เงิน และทองแดง และแบบนี้จะไม่มีแผ่นทองปิดที่ฐานพระ

อีกแบบหนึ่งเป็นแบบผสมด้วยปรอท โลหะสำคัญ และแร่ธาตุต่างๆ เช่น เหล็กขวานฟ้า เหล็กสัตตโลหะ เพชรหน้าทั่ง รวมทั้งอัญมณีด้วย โดยเป็นอัญมณีประเภทโมราทั้งแดงและเขียว รวมทั้งอัญมณีที่มีสีน้ำเงิน สีแดง สีเหลืองสีเขียว และพระสมเด็จรุ่นนี้จะมีแผ่นทองเป็นสี่เหลี่ยมเล็กๆ ขนาดประมาณเกือบ 1 ตารางเซนติเมตร ปิดอยู่ที่ฐานพระ มีข้อความว่าพระธาตุ ขรัวโต และ 2401 และ 2411 ตามเวลาที่จัดทำนั้น

จึงทำให้พระสมเด็จรุ่นนี้มีลักษณะพิเศษมาก คือถ้าดูในลักษณะประเภทของโลหะก็จะไม่สามารถบอกได้ว่าเป็นโลหะชนิดใด เพราะจะว่าเป็นทอง เป็นเงิน ทองแดง เหล็ก ทองเหลือง ก็ไม่สามารถบอกได้เพราะมีการผสมหลอมโลหะที่พิเศษอย่างยิ่ง

และถ้าดูโดยสีก็ไม่สามารถบอกได้ว่าเป็นสีอะไร เพราะไม่มีลักษณะเป็นสีเฉพาะตามสีทั้งหลายที่รู้จักกันคือม่วง คราม น้ำเงิน เขียว เหลือง แสด แดง

ดังนั้นการที่ไม่สามารถระบุได้ว่าพระรุ่นนี้เป็นโลหะชนิดใดและสีอะไรจึงเป็นความพิเศษอย่างยิ่ง ที่ไม่มีพระสมเด็จรุ่นไหนหรือไม่มีโลหะชนิดใดเปรียบเทียบได้

ที่สำคัญ พระสมเด็จรุ่นนี้ยังผสมด้วยเหล็กไหลด้วย แต่จะมากจะน้อยขึ้นอยู่กับการใช้เหล็กไหลผสมในแต่ละองค์ บางองค์ก็มีมวลเหล็กไหลมาก มีพลังดูดเหมือนแม่เหล็กที่แรงมาก บางองค์ก็มีมวลเหล็กไหลน้อย มีพลังดูดน้อยลง ซึ่งเป็นความมหัศจรรย์ของพระรุ่นนี้

เพราะลักษณะพิเศษเกี่ยวกับมวลสารที่มีทั้งของเหลว โลหะ หิน และอัญมณี จึงไม่สามารถหลอมโดยวิธีการหลอมโลหะปกติได้ ว่ากันว่าในการทำพิธีหลอมนั้นต้องใช้วิธีการเจริญเตโชกสิณหรือกสิณธาตุไฟ ซึ่งต้องใช้ภูมิธรรมขั้นสูงคือมีพลังแห่งจิตสูงมาก นั่นก็คือมีพลังจิตในขั้นจตุตถฌานในระดับที่มีความแก่กล้าขั้นสูง ซึ่งในยุคนั้นพระมหาเถระที่ทรงคุณธรรมขั้นนี้มีไม่กี่รูป และในจำนวนนี้ก็มีเจ้าประคุณสมเด็จพระพุฒาจารย์(โต พรหมรังสี) ด้วย

ได้ฟังมาว่าการจัดทำพระรุ่นนี้เมื่อจัดทำแบบพิมพ์พระเสร็จแล้วและมีการเจริญเตโชกสิณหลอมมวลสารแล้วก็จะได้มวลสารที่มีลักษณะนุ่มเหมือนดินน้ำมัน จากนั้นจึงใช้มวลสารที่นุ่มนั้นพิมพ์ลงในแบบพิมพ์พระก็จะได้องค์พระ แต่ยังมีลักษณะนุ่มเหมือนดินน้ำมันดังเดิม

จึงต้องเจริญปฐวีกสิณหรือกสิณธาตุดิน ซึ่งเป็นการหลอมรวมให้องค์พระที่มีลักษณะนุ่มแบบดินน้ำมันนั้นแข็งตัวเป็นของแข็งตามคุณลักษณะที่ผสมไว้ คือเป็นโลหะผสม และมีการตรึงด้วยพระคาถาที่ตรึงปรอทไว้ประจำองค์พระตลอดกาล

ด้วยเหตุนี้พระรุ่นเมฆพัตรจึงต้องทำทีละองค์ ได้ทราบมาว่ามีการจัดทำทั้งหมด 227 องค์ ตามจำนวนข้อบัญญัติในพระวินัย แต่อีกกระแสหนึ่งก็ว่าได้จัดทำขึ้นตามจำนวนอักขระในบทพระคาถาไตรสรณคมน์คือบทพระคาถาอิติปิโส สวากขาโต และสุปฏิปันโน ดังนั้นจำนวนองค์พระที่จัดทำจะมีจำนวนเท่าใดจึงมีสองกระแสดังที่พรรณนามานี้ จึงเป็นเหตุให้ไม่สามารถระบุได้แน่ชัดว่าจำนวนจริงมีจำนวนเท่าใดกันแน่

หลังจากการจัดทำแล้วเจ้าประคุณสมเด็จพระพุฒาจารย์ (โต พรหมรังสี) จึงทำพิธีปลุกเสกด้วยตัวเอง ซึ่งในช่วงเวลานั้นเจ้าประคุณสมเด็จพระพุฒาจารย์ (โต พรหมรังสี) ก็ชราภาพแล้วแต่น่าจะเป็นช่วงก่อนที่จะดับขันธ์ 2-5 ปี พระสมเด็จรุ่นนี้ได้ทราบมาว่าได้แจกจ่ายให้แก่ฝ่ายทหารเป็นหลัก มีบ้างที่แจกจ่ายให้พระบรมวงศานุวงศ์ และส่วนที่เหลือก็เก็บไว้ที่เจ้าหน้าที่กระทรวงวัง และต่อมาก็ได้กระจัดกระจายกันออกสู่ภายนอก

พระสมเด็จรุ่นนี้ไม่เคยปรากฏมาก่อน เพิ่งมาปรากฏหลัง พ.ศ. 2548-2552 แต่ก็หาชมได้ยากมากและไม่มีจำหน่ายในเชิงพาณิชย์ ดังนั้นจึงไม่ได้รับการยอมรับถึงความมีอยู่และถูกตีว่าเป็นของปลอมจนถึงบัดนี้

แต่เมื่อพระรุ่นนี้ปรากฏขึ้นก็มีผู้คิดทำปลอมขึ้น แม้กระนั้นก็อย่าได้ถือว่าเป็นพระปลอมเลย เพราะความศักดิ์สิทธิ์ของพระสมเด็จทุกองค์ นอกจากมีมาแต่เหตุมวลสารที่เป็นส่วนประกอบผสมแล้วที่สำคัญคือมีความศักดิ์สิทธิ์เพราะพระคาถาชินบัญชร ดังที่เจ้าประคุณสมเด็จพระพุฒาจารย์ (โต พรหมรังสี) เคยถวายวิสัชนาให้พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวทรงทราบนั่นเอง

ว่ากันว่าต้นแบบเดิมของพระคาถาชินบัญชรนั้นมาจากศรีลังกา และเจ้าประคุณสมเด็จได้ร่ำเรียนมาและได้ปรับปรุงให้เป็นแบบฉบับของวัดระฆัง ดังที่วัดระฆังได้จัดพิมพ์เผยแพร่ให้ประชาชนทั่วไปได้ร่ำเรียนนั่นเอง

พระคาถาชินบัญชรแปลว่าหน้าต่างของพระพุทธเจ้า ซึ่งมีความหมายว่าบทพระคาถานี้จะทำให้เห็นพระพุทธเจ้านั่นคือเห็นธรรม และในเชิงโลกุตระการเห็นธรรมดังกล่าวก็คือการเห็นธรรมที่พระอัญญาโกณฑัญญะได้เห็นเมื่อครั้งที่พระผู้มีพระภาคเจ้าแสดงธัมมจักกัปปวัตนสูตรในการปฐมเทศนา คือเห็นว่าสิ่งใดมีความเกิดขึ้นเป็นธรรมดา สิ่งนั้นมีความดับไปเป็นธรรมดา อันเป็นโลกุตระธรรมสำคัญในพระพุทธศาสนา

และพุทธลักษณะที่เป็นระฆังครอบก็มีความหมายถึงระฆังกายสิทธิ์ หรือกำแพงกายสิทธิ์ ที่จะคุ้มครองผองสรรพภัยไม่ให้กล้ำกราย แต่จะคุ้มครองในระยะรัศมีจากองค์พระเท่าใดแต่ละคนก็ย่อมสัมผัสได้ด้วยตนเอง เพราะพระสมเด็จบางองค์นั้นมีอานุภาพคุ้มครองสรรพภัยได้ในรัศมีตั้งแต่ 100-500 เมตร ก็มี

ดังนั้น บรรดาผู้ศรัทธาในพระสมเด็จจึงพึงร่ำเรียนพระคาถาชินบัญชรเถิด (จบ)