ในช่วงที่สมเด็จเจ้าฟ้ามหามาลา กรมพระยาบำราบปรปักษ์ เสด็จไปร่วมทำพระกับขรัวโตระหว่างธุดงค์ที่ถ้ำเพชรบูรณ์นั้น นอกจากที่ทำเป็นรุ่นปรอท เหล็กไหลแล้ว เท่าที่ปรากฏยังมีการทำรุ่นเมฆพัตรซึ่งเป็นต้นแบบของพระสมเด็จรุ่นเมฆพัตร แต่น่าจะทำไม่มากนัก

พระสมเด็จเนื้อเมฆพัตรก็อนุโลมจัดว่าเป็นพระสมเด็จสายวัง แต่จัดทำขึ้นเป็นสองระยะ คือระยะที่ทำที่ถ้ำเพชรบูรณ์ในครั้งนั้น กับที่ทำในชั้นหลัง หลังจากพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวรัชกาลที่ 4 เสวยราชย์แล้วและต่อมาก็มีทำเพิ่มเติมโดยใช้มวลสารเป็นแร่แมกเนไซต์เป็นมวลสารหลัก ทำให้มีคุณสมบัติคล้ายแม่เหล็กที่ดูดเหล็กได้

เนื้อเมฆพัตรรุ่นแรกสุดนั้นเป็นพระที่ทำด้วยอำนาจแห่งพลังกสิณ ทั้งเตโชกสิณและปฐวีกสิณ ในขณะที่มวลสารก็เป็นชนิดพิเศษซึ่งปกติไม่สามารถจะหลอมรวมเข้าด้วยกันได้เลย จึงจัดว่าเป็นเนื้อที่ใช้อิทธิปาฏิหาริย์ในการทำโดยแท้

เนื้อเมฆพัตรจะมีมวลสารหลักประกอบด้วย ทอง เงิน ทองแดง เหล็ก ปรอท เหล็กไหล หอยเป็นหิน เพชรหน้าทั่ง และอัญมณีบางชนิด ซึ่งวัสดุเหล่านี้ไม่มีทางที่จะหลอมรวมกันได้โดยใช้ไฟหลอม เพราะโลหะอาจหลอมรวมกับโลหะได้ แต่ไม่อาจหลอมรวมกับอัญมณีได้ และไม่อาจหลอมรวมกับพวกที่เป็นหินชนิดต่างๆ ได้

ในการทำพระเนื้อเมฆพัตรจะต้องใช้พลังของเตโชกสิณขั้นสูง ซึ่งหมายถึงผู้กระทำต้องบรรลุถึงจตุตถฌานแล้วจึงจะมีพลังเตโชกสิณระดับนั้นได้ เมื่อหลอมแล้วมวลสารเหล่านั้นก็จะรวมกันมีลักษณะอ่อนเหมือนกับดินน้ำมัน แล้วจึงนำพิมพ์ลงในแบบพิมพ์พระ ซึ่งเป็นแบบที่ช่างหลวงในกรมช่างสิบหมู่ออกแบบขึ้นนั่นเอง

ครั้นแกะแบบพิมพ์ออกมาพระก็จะมีความอ่อนเหมือนดินน้ำมัน จึงต้องเจริญปฐวีกสิณทำให้ความอ่อนนั้นกลับแข็งตัว จึงมีลักษณะพิเศษมาก

ดังนั้นพระสมเด็จเนื้อเมฆพัตรที่มีมวลสารชนิดแบบนี้ถ้าดูด้วยตาก็ไม่อาจที่จะบอกได้ว่าทำจากโลหะอะไร ในขณะที่มีสีแปลกประหลาดจนกระทั่งไม่อาจบอกได้ว่าเป็นสีอะไร ลักษณะของเฉดของสีจะเป็นอย่างไรนั้นขึ้นอยู่กับสีของอัญมณี

นั่นคือถ้าหนักไปในทางหยก เนื้อพระก็จะมีลักษณะสีเขียว ถ้าหนักไปในทางทับทิม เนื้อพระก็จะออกไปในทางสีแดง หรือถ้าหนักไปทางไพลิน เนื้อพระก็จะออกไปในทางสีฟ้าหรือสีม่วง เป็นที่พิสดาร

พระสมเด็จเนื้อเมฆพัตรที่ทำในครั้งนั้นยังไม่มีแผ่นทองปะด้านหน้าที่ฐานพระ เพราะเป็นการไปทำในระหว่างธุดงค์ในพื้นที่ป่าเขาห่างไกล แต่ในการทำในระยะหลังซึ่งเป็นช่วงพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 4 เสวยราชย์แล้วก็ได้ใช้ทองบางสะพานซึ่งเป็นทองของไทยและมีลักษณะพิเศษ เนื้อทองเกือบร้อยเปอร์เซ็นต์ทำเป็นแผ่นเล็กๆ

มีข้อความจารึกในแผ่นทองว่า ขรัวโต พระธาตุ 2401 ซึ่งเป็นที่ระลึกและเป็นอนุสรณ์ในสามเหตุการณ์สำคัญ คือ

คำว่าขรัวโต ก็เพื่อเป็นอนุสรณ์แด่เจ้าประคุณสมเด็จพระพุฒาจารย์ (โต พรหมรังสี) ซึ่งขณะนั้นมีอายุและพรรษายุกาลมากแล้ว และเป็นที่นับถือของคนทั้งปวง

คำว่าพระธาตุ ก็เพื่อเป็นอนุสรณ์ในการบูรณะพระธาตุพนมซึ่งพังทลายลง ให้เป็นพระธาตุคู่บ้านคู่เมืองสืบต่อไปชั่วพุทธันดร

คำว่า 2401 ก็เพื่อเป็นอนุสรณ์ถึงพระราชดำริที่พ้องกันทั้งพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 4และพระบาทสมเด็จพระปิ่นเกล้าเจ้าอยู่หัว ให้บูรณะพระธาตุพนมวังหน้าขึ้นมาอีกครั้งหนึ่ง เป็นเรื่องที่วังหลวงและวังหน้าเห็นพ้องกันในเรื่องการพระศาสนา เพื่อให้เป็นหลักชัยของบ้านเมืองสืบไป

พระสมเด็จเนื้อเมฆพัตรที่จัดทำในระหว่างธุดงค์ครั้งนั้นก็อนุโลมเรียกว่าเป็นพระสายวังเช่นเดียวกัน และเป็นพระสายวังที่เป็นต้นแบบรุ่นเนื้อเมฆพัตรที่สร้างขึ้นในปลายสมัยรัชกาลที่ 4

นับตั้งแต่ขรัวโตได้รับมอบหมายให้ไปเป็นเจ้าอาวาสวัดระฆังแล้ว เจ้าประคุณก็ยังคงสร้างพระสมเด็จและแจกจ่ายให้แก่พุทธศาสนิกชนโดยทั่วไป จนกระทั่งสิ้นอายุสังขารในปี 2415

เจ้าประคุณสมเด็จเป็นผู้เคร่งครัดในพระธรรมวินัยและวัตรปฏิบัติของพระภิกษุ โดยเฉพาะการบิณฑบาต จึงได้ออกบิณฑบาตทุกเช้าจนกระทั่งปลายอายุขัยจึงหยุดออกบิณฑบาต แต่ในระหว่างที่ออกบิณฑบาตนั้นก็เป็นที่นับถือศรัทธาของชาวบ้าน และเจ้าประคุณก็มีเมตตาแก่ราษฎรออกบิณฑบาตไปก็จะมีพระสมเด็จไปแจกจ่าย แม้กระทั่งในงานกิจนิมนต์ต่างๆ และยังกำชับไว้ด้วยว่าให้เก็บรักษาไว้ให้จงดี ในอนาคตพระนี้จะมีค่ามาก

ในระหว่างออกบิณฑบาตนั้นเจ้าประคุณก็มีน้ำใจเมตตาดูแลรักษาผู้คนไปตามควรแก่การหลายครั้งที่เห็นผู้ใส่บาตรเป็นสตรี มีหน้าตาเป็นสิวเป็นฝ้าด่างดำหรือแพ้เห่อในลักษณะที่เป็นทุกข์ทรมาน เจ้าประคุณก็สอนคาถาเฉพาะให้ดังที่ได้พรรณนามาแล้ว

ในชั้นหลังมีบางกระแสระบุว่า พระคาถานี้คือคาถานารายณ์แปลงรูป ซึ่งเป็นคาถาด้านที่แปดของคาถาอิติปิโสแปดทิศมีชื่อว่านารายณ์แปลงรูปนั้นเป็นความเข้าใจผิด เพราะแม้แต่ท่านทุกวันนี้ก็ยังเล่าขานและทรงจำกันสืบต่อกันมาว่าบทคาถาที่เจ้าประคุณสั่งสอนก็คือคาถาเฉพาะที่ใช้นามฉายาของเจ้าประคุณเอง คือบทพระคาถาที่ว่า “โอม ศรี ศรี พรหมรังสี นามะเต”ดังได้พรรณนามาก่อนหน้านี้แล้ว

การออกบิณฑบาตในลักษณะนั้น รวมทั้งพระวัดระฆังที่เป็นสานุศิษย์ที่ออกบิณฑบาตไปทั้งด้านซ้ายด้านขวาของวัดระฆังก็ย่อมสัมผัสกับพุทธศาสนิกชนทั้งพวกฟากขะโน้น และพวกฝั่งขวาของวัดระฆัง คือพื้นที่ที่เป็นวังหลังเก่า บ้านพรานนก บ้านช่างหล่อ บ้านขมิ้นและบ้านศิริราชด้วย

ดังนั้น หากมีข่าวสารความเคลื่อนไหวใดๆ ก็ย่อมเป็นที่รู้เห็นของพระที่ออกบิณฑบาตและนำมาเล่าขานกันในเวลาจังหันหรือบอกกล่าวให้เจ้าอาวาสได้ทราบ และถ้าเป็นเรื่องสำคัญข่าวนั้นก็น่าจะถูกส่งไปยังเจ้าหน้าที่ที่ท่าช้างวังหลวง ซึ่งสมเด็จเจ้าฟ้ามหามาลา กรมพระยาบำราบปรปักษ์ เสนาบดีกระทรวงวังและเจ้ากรมคชลักษณ์เป็นผู้รับผิดชอบอยู่

เหตุนี้จึงเชื่อว่าข่าวสารความเคลื่อนไหวต่างๆ ของพวกฟากขะโน้นและผู้ที่เกี่ยวข้องในราชการศึกสงครามทั้งฝั่งซ้ายฝั่งขวาวัดระฆังย่อมเป็นที่ทราบกันทั้งพระมหาเถระของวัดระฆังและกรมช้างของกระทรวงวัง และถ้าเชื่อเช่นนี้ก็ทำให้เห็นได้ว่าการที่ขรัวโตได้รับมอบหมายให้ไปเป็นเจ้าอาวาสวัดระฆังนั้นก็เป็นความไว้วางใจขั้นสูงของพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 4 ซึ่งพระองค์ทรงปฏิบัติและเจริญสมณะธรรมขั้นสูงในพระพุทธศาสนา อาจบรรลุถึงอนาคตังสญาณด้วยซ้ำไป ซึ่งจะปรากฏชัดเจนในเหตุการณ์สวรรคตของพระองค์ท่าน