พระสมเด็จวัดระฆังได้ถือแบบพระประธานวัดระฆังโฆสิตาราม เป็นแบบองค์พระ สถิตอยู่ในกรอบบัญชรคล้ายระฆัง ก็เพราะเจ้าประคุณสมเด็จทรงทราบและนับถือพระประธานวัดระฆังว่าทรงความศักดิ์สิทธิ์ มีฤทธานุภาพมาก ดังนั้นตลอดอายุขันธ์ของเจ้าประคุณสมเด็จจึงไม่เคยปรากฏว่าพระที่สร้างเองนั้นใช้รูปแบบพระสงฆ์หรือรูปของเจ้าประคุณสมเด็จเองเลย

พระประธานวัดระฆังนั้นเป็นพระพุทธรูปเก่าโบราณ สืบหาประวัติดั้งเดิมมิได้ พบก็แต่เพียงว่าเป็นพระประธานเก่าแก่มาตั้งแต่ยุคอยุธยาเป็นอย่างน้อย แต่จะมีมาก่อนหน้านั้นครั้งไหนไม่ปรากฏ และกิตติศัพท์นี้ก็เป็นที่นับถือศรัทธามาตั้งแต่องค์ปฐมบรมกษัตริย์แห่งพระบรมราชจักรีวงศ์

ดังนั้นเมื่อถึงกาลสถาปนาปฐมสังฆราชแห่งกรุงรัตนโกสินทร์ ซึ่งทรงพระกรุณาโปรดเกล้าสถาปนาพระสีขึ้นเป็นที่สมเด็จพระสังฆราช (สี) ก็โปรดให้เสด็จไปสถิตอยู่ที่วัดระฆัง นั่นคือปฐมสังฆราชแห่งกรุงรัตนโกสินทร์ สถิตอยู่ที่วัดระฆัง นับเป็นพระอารามหลวงชั้นโทแห่งแรกอันเป็นที่สถิตของสมเด็จพระสังฆราช

พระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช ทรงนับถือและทรงมีความผูกพันในพระทัยกับพระประธานวัดระฆังเป็นอันมาก เสด็จฯไปทรงบำเพ็ญพระราชกุศลที่วัดระฆังอย่างสม่ำเสมอและทุกครั้งที่เสด็จฯพระองค์ก็ทรงรู้สึกว่าพระประธานวัดระฆังยิ้มต้อนรับพระองค์ท่าน

ดังนั้นเมื่อใกล้จะถึงกาลเสด็จสวรรคตมีพระบรมราชโองการไว้ว่า เมื่อเสด็จสวรรคตแล้ว ให้อัญเชิญนพปฎลเศวตฉัตรที่กางกั้นยอดพระเมรุมาศไปถวายพระประธานวัดระฆัง เพื่อรำลึกถึงพระพุทธคุณที่มีเมตตาต้อนรับและยิ้มให้กับพระองค์ท่านตลอดมา

ดังนั้นพระประธานวัดระฆังจึงเป็นพระประธานองค์แรกแห่งราชอาณาจักรไทยที่มีนพปฎลเศวตฉัตรกางกั้น ในขณะที่พระประธานวัดอื่นอย่างมากก็มีเศวตฉัตรห้าชั้นหรือเจ็ดชั้นกางกั้นเป็นพื้น แม้ว่าจะเป็นพระอารามหลวงชั้นเอกหรือชั้นพิเศษก็ตาม

ความศักดิ์สิทธิ์ของพระประธานวัดระฆังที่ยิ้มต้อนรับพระมหากษัตริย์ ยังมีปรากฏความต่อมาในสมัยพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวรัชกาลที่ 5 ก็ทรงมีรับสั่งหลายครั้ง คือตั้งแต่ยังทรงพระเยาว์ จนกระทั่งหลังเสด็จเสวยสิริราชสมบัติแล้ว ว่าพระประธานวัดระฆัง “ทรงความศักดิ์สิทธิ์มีชีวิต และมีเมตตา ยิ้มต้อนรับฟ้าเสมอๆ”

ก็เป็นที่กล่าวขานกันว่าเมื่อครั้งยังทรงพระเยาว์แล้วเสด็จฯไปทรงศึกษาอักขรวิธีกับเจ้าประคุณสมเด็จพระพุฒาจารย์(โต พรหมรังสี) นั้น พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวรัชกาลที่ 5ก็จะเสด็จฯเข้าไปกราบสักการะพระประธานวัดระฆังอยู่เนืองๆและพระประธานนั้นก็ยิ้มต้อนรับพระองค์ท่านเหมือนกับเหตุการณ์ที่เคยปรากฏในสมัยพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวรัชกาลที่ 1

แบบพระที่ขรัวโตสร้างขึ้นที่มีกรอบบัญชรนั้นน่าจะเป็นการกำหนดแบบขึ้นหลังจากที่ขรัวโตได้รับและเรียนรู้พระคาถาชินบัญชรแล้ว เพราะพระคาถาชินบัญชรนั้นความหมายก็คือคาถาหน้าต่างของสมเด็จพระสัมมาสัมพุทธเจ้า

อันมีความหมายว่าเมื่อได้ฟังบทพระคาถานี้แล้วก็เหมือนกับว่าได้มองผ่านหน้าต่างเข้าไปเห็นพระพักตร์หรือเห็นพระองค์ของสมเด็จพระสัมมาสัมพุทธเจ้า
ดังนั้นจึงมีคำว่าบัญชรหรือปัญชรเป็นชื่อบทพระคาถานี้

ความจริงการเห็นพระพุทธเจ้านั้นไม่อาจเห็นได้ด้วยตาเพราะทรงดับขันธปรินิพพานไปนานแล้ว จะเห็นได้ก็แต่โดยผ่านพระธรรมตามพระพุทธดำรัสที่ว่าผู้ใดเห็นธรรมผู้นั้นเห็นตถาคต ดังนั้นการมองผ่านบัญชรตามพระคาถาชินบัญชรก็จะเห็นพระธรรม ก็จะเห็นพระตถาคตเจ้า

เนื้อความในบทพระคาถาชินบัญชรนั้นมีหลายส่วน และส่วนสำคัญก็คือบทพระสูตรสำคัญในพระสุตตันตปิฎกซึ่งเป็นพระสูตรที่แสดงธรรมอันมีเนื้อหารวมลงที่เรื่องทุกข์ เหตุแห่งทุกข์ ความดับทุกข์ และวิธีการดับทุกข์พระสูตรทั้งหมดเหล่านี้ได้ระบุไว้ในพระคาถาชินบัญชร และยังมีการกล่าวถึงพระนามของอดีตพระสัมมาสัมพุทธเจ้าและพระอรหันตสาวกที่ทรงภูมิธรรมเป็นเอตทัคคะในด้านต่างๆ

และในตอนท้ายก็ได้อาราธนาอานุภาพทั้งอดีตพระพุทธเจ้า ทั้งพระสมณโคดมพุทธเจ้า ทั้งพระธรรมทั้งหลายที่นำสัตว์ทั้งหลายออกจากทุกข์ และพระสาวกทั้งหลายได้คุ้มครองป้องกันให้พ้นจากสรรพอุปัทวันตราย และถึงซึ่งความสวัสดีในที่ทั้งปวง

ดังนั้นรูปแบบบัญชรหรือหน้าต่างที่กำหนดเป็นแบบในพระที่ขรัวโตสร้างตั้งแต่ก่อนเป็นสมเด็จและหลังเป็นสมเด็จจึงเป็นเรื่องเดียวกัน เป็นน้ำเนื้อเดียวกันกับบทพระคาถาชินบัญชรที่สืบทอดมาแต่ครั้งพระมหาเถรคันฉ่องนั้น

แม้เมื่อขรัวโตมาอยู่วัดระฆังแล้ว รูปแบบบัญชรจะคล้ายระฆัง หรือในบางรุ่นจะทำรูปแบบเป็นรูประฆังโดยตรงก็ตาม แต่ความหมายก็ยังรวมอยู่ที่เป็นหน้าต่างที่จะมองเห็นพระพุทธเจ้า คือเป็นหน้าต่างที่จะเห็นธรรมนั่นเอง

การสร้างพระขรัวโตก่อนที่จะมาเป็นเจ้าอาวาสวัดระฆังก็ใช้ช่างแกะแบบหลากหลายกันไปตามสภาพพื้นที่และท้องถิ่นนั้นๆ ครั้นเจ้าประคุณมาเป็นเจ้าอาวาส
วัดระฆังแล้วนั่นแหละจึงได้ใช้ช่างแกะแบบที่เป็นชาวบ้านจากบ้านช่างหล่อเป็นพื้น เพราะบ้านช่างหล่อนั้นนอกจากเป็นแหล่งรวมของช่างหล่อแล้ว ยังเป็นแหล่งรวมของช่างปั้น ช่างแกะ และช่างอื่นอีกหลายประเภท

มีการตั้งความสังเกตว่าพระสมเด็จวัดระฆังนั้นไม่ว่าจะแกะแบบกี่ครั้งกี่หน เพียงสัมผัสผ่านสายตาก็จะรู้ว่าเป็นพระสมเด็จวัดระฆัง นั่นก็เพราะว่าไม่ว่าจะใช้ช่างแกะแบบยุคใดสมัยใด แต่เมื่อได้ถือเอาแบบพระประธานวัดระฆังเป็นแม่แบบแล้ว ถึงแม้จะไม่เหมือนกันเสียทีเดียว แต่รูปทรงสัดส่วนทั้งหลายด้วยฝีมือของช่างแกะก็ยังคงเป็นพระประธานวัดระฆังเป็นต้นแบบอยู่นั่นเอง

ดังนั้นพระที่ขรัวโตสร้างนับแต่มาเป็นเจ้าอาวาสวัดระฆังเป็นต้นมาจึงเป็นพระสมเด็จที่มีลักษณะกรอบเป็นบัญชรพระพุทธเจ้า และมีองค์พระที่มีต้นแบบมาจากพระประธานวัดระฆัง และใช้ช่างแกะชาวบ้านเป็นพื้น

ส่วนแบบอื่นๆ นั้นเป็นพระที่หน่วยงานอื่นหรือบุคคลอื่นเป็นผู้สร้าง ซึ่งเจ้าประคุณสมเด็จอาจได้รับอาราธนาไปปลุกเสกหรือทำพิธีปลุกเสกให้ ซึ่งลักษณะนี้มีจำนวนมากกว่าที่เจ้าประคุณสมเด็จสร้างเองนับตั้งแต่มาเป็นเจ้าอาวาสวัดระฆังมากมายหลายเท่านัก