ปรากฏต่อมาว่าในการสั่งทำพระสมเด็จแบบอัญมณีนพรัตน์ชุดละ 9 องค์ของวังหลวงนั้นทางสำนักสมเด็จเจ้าพระยาได้สั่งจ้างทำเพิ่มเติมสำหรับสำนักสมเด็จเจ้าพระยาด้วย แต่จะมีจำนวนเท่าใดไม่ปรากฏชัด แต่คาดหมายว่าน่าจะมีจำนวนไม่ต่ำกว่า 1,000 ชุด ชุดละ 9 องค์

การสั่งทำดังกล่าวน่าจะได้รับของจากต่างประเทศพร้อมกันทั้งในส่วนของวังหลวงและของสำนักสมเด็จเจ้าพระยา ซึ่งในส่วนของวังหลวงนั้นได้มีการพระราชทานแก่ฝ่ายในเป็นการทั่วไป และถือว่าเป็นพระสมเด็จรุ่นอัญมณีนพรัตน์รุ่นสำคัญของวังหลวงด้วย ซึ่งแน่นอนว่าก่อนจะพระราชทานนั้นกระทรวงวังย่อมทำพิธีการปลุกเสกโดยเจ้าประคุณสมเด็จพระพุฒาจารย์ (โต พรหมรังสี) เหมือนทุกครั้งที่ผ่านมา

แต่ทว่าในส่วนสำนักสมเด็จเจ้าพระยานั้น เมื่อได้รับมอบพระสมเด็จอัญมณีนพรัตน์มาแล้ว ได้มีการทำต่อเติมด้านหลังแบบวิจิตรพิสดารหรูหรามาก เป็นลักษณะเฉพาะและมีกลิ่นอายแบบเปอร์เซียแฝงอยู่อย่างแนบเนียนด้วย

ด้านหลังพระสมเด็จของสำนักสมเด็จเจ้าพระยานั้น โดยทั่วไปจะมีโลหะรูปหล่อเจ้าประคุณสมเด็จพระพุฒาจารย์ (โต พรหมรังสี) ติดอยู่ทางด้านหลัง เหตุทั้งนี้เป็นเพราะสมเด็จเจ้าพระยาบรมมหาศรีสุริยวงศ์นั้นเป็นศิษย์เจ้าประคุณสมเด็จ มีความเคารพยำเกรงเจ้าประคุณสมเด็จเป็นที่ยิ่ง แต่ในกรณีที่เจ้าประคุณสมเด็จทำพระเองนั้น ไม่เคยมีสักครั้งเดียวที่จะทำรูปเป็นองค์ของเจ้าประคุณสมเด็จหรือรูปพระสงฆ์อื่นใดแทนรูปพระพุทธเจ้าเลย

แต่พระสมเด็จรุ่นอัญมณีนพรัตน์ของสำนักสมเด็จเจ้าพระยานั้นโดยทั่วไปด้านหลังองค์พระจะเป็นรูปเจ้าประคุณสมเด็จ และประดับอัญมณีหลากสี
อย่างวิจิตรพิสดารมาก บ้างก็ประดับสีเดียว บ้างก็ประดับหลายสี จำนวนเม็ดอัญมณีแต่ละรูปแบบถือจำนวนตามกำลังของดาวนพเคราะห์ เช่นถ้าจะแทนดาวพระอาทิตย์ก็จะใช้อัญมณี 1 เม็ด หรือถ้าจะใช้แทนกำลังพระจันทร์ก็จะใช้อัญมณี 15 เม็ด ถ้าหากจะใช้แทนกำลังของพระราหูก็จะใช้ 8 เม็ด ดังนี้เป็นต้น

ด้านหลังพระสมเด็จของสำนักสมเด็จเจ้าพระยาที่ทำเพิ่มเติมจากอัญมณีนพรัตน์นั้น โดยทั่วไปจะมีลักษณะเป็นรูปเจ้าประคุณสมเด็จอยู่ด้านหลังประดับอัญมณี ซึ่งใช้สำหรับแจกทั่วไปแก่ผู้คนในสำนักสมเด็จเจ้าพระยา แต่สำหรับขุนนางผู้ใหญ่ในสังกัดก็จะมีทำพิเศษเพิ่มเติมอีก เช่น เป็นรูปพระพุทธรูปพี่น้อง 2 องค์ ซึ่งเป็นสัญลักษณะของพระมหากษัตริย์ในสมัยรัชกาลที่ 4 ที่เทียบได้ว่ามี 2 พี่น้องเป็นพระมหากษัตริย์ คือพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว และพระบาทสมเด็จพระปิ่นเกล้าเจ้าอยู่หัว เป็นต้น นอกจากนั้นก็ยังมีแบบอื่นๆ ที่วิจิตรพิสดารมากหลายเป็นการเฉพาะองค์อีกด้วย เช่น ด้านบนเป็นรูปพระพุทธรูป ด้านล่างเป็นรูปพระครุฑพ่าห์

จะมีบางองค์ที่มีลักษณะแปลกประหลาดและเป็นเหตุให้เกิดคำติฉินนินทาว่าสมเด็จเจ้าพระยาบรมมหาศรีสุริยวงศ์คิดตั้งตนเป็นพระมหากษัตริย์ คือด้านหลังพระสมเด็จนั้นทำเป็นรูปตราพระครุฑพ่าห์อย่างเดียว และว่ากันว่าที่ทำพิเศษแบบนี้แจกจ่ายเฉพาะคนใกล้ชิดที่สุดของสมเด็จเจ้าพระยาเท่านั้น

สมเด็จเจ้าพระยาบรมมหาศรีสุริยวงศ์แม้เป็นผู้สำเร็จราชการแผ่นดินและเป็นสมุหกลาโหมก็ไม่มีสิทธิ์ใช้ตราพระครุฑพ่าห์ซึ่งเป็นตราประจำพระมหากษัตริย์ หรือถ้าจะใช้ตราสัญลักษณ์ก็ใช้ตราดอกพุดตานซึ่งมีใช้เป็นปกติอยู่แล้ว ดังนั้น เรื่องนี้จึงเป็นความมืดดำทางการเมืองเบื้องหลังพระสมเด็จอีกเรื่องหนึ่ง ซึ่งทำให้คำติฉินนินทาต่อสมเด็จเจ้าพระยาบรมมหาศรีสุริยวงศ์มีน้ำหนัก แต่ในความเป็นจริงก็ปรากฏชัดเจนว่าตลอดชีวิตของสมเด็จเจ้าพระยาบรมมหาศรีสุริยวงศ์ก็ไม่ได้ก่อการกบฏใดๆ เหมือนเช่นที่วังหน้าได้ปฏิบัติจนถูกเรียกว่าเป็นกรณีกบฏวังหน้าเลย

นั่นก็อาจจะเป็นผลโดยตรงจากการที่เจ้าประคุณสมเด็จพระพุฒาจารย์ (โต พรหมรังสี) เคยไปบังคับให้สมเด็จเจ้าพระยาบรมมหาศรีสุริยวงศ์ปฏิญาณสาบานตนต่อพระประธานประจำตระกูลบุนนาคว่าจะไม่กบฏต่อพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว ในเหตุการณ์วิกฤตกดดันให้มีการสถาปนาวังหน้านั่นเอง

ความจริงพระสมเด็จรุ่นนพรัตน์นี้ไม่ใช่รุ่นแรกของสำนักสมเด็จเจ้าพระยา และอาจถือได้ว่าเป็นรุ่นที่สองที่สำนักสมเด็จเจ้าพระยาได้ทำพระสายวัง และพระสมเด็จรุ่นแรกของสายสำนักสมเด็จเจ้าพระยาก็น่าจะเป็นเนื้อเปียกทอง ที่ทำทั้งแบบพระสมเด็จและแบบสมเด็จนางพญา หลังจากที่สมเด็จกรมพระราชวังบวรวิไชยชาญได้สร้างพระสมเด็จรุ่นเนื้อทองดอกบวบมอบแก่สมเด็จเจ้าพระยาบรมมหาศรีสุริยวงศ์ในช่วงเวลาใกล้กับระยะเวลาที่ได้รับการสถาปนาเป็นวังหน้าแล้ว

ดังนั้นจึงอาจสรุปได้ว่าพระสมเด็จสายสำนักสมเด็จเจ้าพระยานั้นได้มีการสร้างขึ้น 2 รุ่น คือ

รุ่นเปียกทอง ที่สร้างขึ้นหลังจากสมเด็จกรมพระราชวังบวรวิไชยชาญได้พระราชทานพระสมเด็จเนื้อทองดอกบวบจำนวน 400 องค์ เพื่อตอบแทนการสนับสนุนที่สมเด็จเจ้าพระยาบรมมหาศรีสุริยวงศ์สนับสนุนให้สถาปนาพระองค์ท่านขึ้นเป็นวังหน้า

รุ่นอัญมณีนพรัตน์ ที่สั่งทำจากต่างประเทศและมีการสร้างเพิ่มเติม โดยต่อเติมด้านหลังให้มีลักษณะพิเศษเฉพาะที่วิจิตรพิสดารและหรูหรามาก
มีกลิ่นอายแบบเปอร์เซียแฝงอยู่ทุกองค์ และมีการคาดหมายว่ามีจำนวนทั้งหมด 1,000 ชุดรวม 9,000 องค์